В начале 1522 г. реформационное движение в Виттенберге приняло радикальные формы: Андреас Карлштадт в проповедях стал выступать с резкой критикой церковных изображений, в результате чего по всему Виттенбергу началось уничтожение картин и статуй, нередко сопровождавшееся осквернением католических храмов. Кроме того, с дозволения Андреаса Карлштадта в Виттенберге начали проповедовать так называемые цвиккауские пророки: Николаус Шторх и Томас Дрехзель, учение которых оказало влияние на формирование движения анабаптистов. В проповедях «пророков» порицалась вообще любая учёность, и делался акцент на иррациональном «действии Святого Духа», перерождающем человека; «пророки» возвещали о скорой гибели всех «безбожников» и о наступлении на земле «царства Божия». Едва ли Йонас Юстус мог положительно относиться к таким тезисам, однако он вместе с тем не выступал с их критикой, занимая нейтральную позицию; в письмах друзьям он выражал надежду на то, что реформирование церковной жизни в Виттенберге будет идти в соответствии с планами и намерениями Мартина Лютера, не высказывая своего отношения к деятельности Андреаса Карлштадта и «пророков». После возвращения Мартина Лютера в Виттенберг 6 марта 1522 г. Йонас Юстус немедленно встал на его сторону в споре с Андреасом Карлштадтом и «пророками». Хотя Мартин Лютер поддержал начинания виттенбергских реформатов в вопросе об упразднении мессы и изображений, он настаивал на том, что любая реформационная деятельность должна проводиться постепенно и с санкции властей, а не спонтанно. Примером образа действий Мартина Лютера является реформирование совершения мессы в церкви Всех святых, где служил Йонас Юстус. По совету Мартина Лютера Йонас Юстус обратился к курфюрсту с просьбой разрешить реформирование мессы; одновременно в проповедях Йонас Юстус критиковал католическую практику совершения мессы, однако предупреждал народ о недопустимости каких-либо насильственных действий. В длинном письме курфюрсту Йонас Юстус призывал его «повиноваться слову Божию» и подробно рассуждал о необходимости реформирования церкви и о роли светских правителей в деле распространения и утверждения «чистого учения и Евангелия». Настоятельные просьбы Йонаса Юстуса разрешить реформирование мессы вызвали недовольство у курфюрста, который стал рассматривать его как единомышленника Андреаса Карлштадта и даже пригрозил лишить его должности пробста. Мартин Лютер немедленно выступил в защиту Йонаса Юстуса и направил Спалатину письмо, в котором просил его засвидетельствовать перед курфюрстом, что он во всём поддерживает Йонаса Юстуса, и упрекал курфюрста и Спалатина в пренебрежительном отношении к Йонасу Юстусу: «Йонас такой человек, которого надлежало бы купить за большую цену и скрыть в земле (как сокровище), а вы цените его как мусор и траву». Несмотря на непрекращающиеся ходатайства Мартина Лютера и Йонаса Юстуса, курфюрст Иоганн Фридрих так и не дал согласия на реформирование мессы в церкви Всех святых; оно было осуществлено лишь при его преемнике Иоганне Твёрдом (1468–1532 гг.) в конце 1525 г.