После закрытия в середине 1924 г. Петровского монастыря служил на Антиохийском подворье в храме Боголюбской иконы Божьей Матери. Летом 1929 г. храм был закрыт, он перешёл служить в церковь Сергия Радонежского на Большой Дмитровке, где 30 января 1930 г. был пострижен в великую схиму с именем Игнатий в честь Игнатия Богоносца и в память Игнатия (Брянчанинова). В середине декабря 1931 г. арестован, заключён на десять дней в тюрьму. Был вынужден переехать в Никоновский переулок, т.к. хозяева квартиры настаивали, чтобы Игнатий прекратил приём духовных детей. В октябре 1933 г. храм Сергия был закрыт, Игнатий стал служить в храме Рождества Богородицы в Путинках. В 1934 г. священноначалие под давлением НКВД запретило Игнатию принимать народ в церкви и отправило на покой. 10 апреля 1935 г. арестован вместе с иеромонахом Космой (Магдой), монахинями Афанасией (Давыдовой) и Агафоной (Комаровой), Анастасией Печниковой и Агриппиной Дворецкой, заключён в Бутырскую тюрьму. Обвинён в антисоветской агитации на основании того, что «среди верующих пользовался авторитетом прозорливца и блаженного, имеет большое количество последователей (духовных детей)», «внушает своим почитателям о необходимости систематического посещения церкви». Виновным в антисоветской деятельности себя не признал. 8 июня 1935 г. особым совещанием при НКВД приговорён к пяти годам заключения в исправительно-трудовых лагерях. 16 октября отправлен в Саровский исправительно-трудовой лагерь. Весной 1936 г. переведён в Ветлужский исправительно-трудовой лагерь на станции Сухобезводное Московско-Курской железной дороги, но вскоре отправлен в инвалидную колонию неподалёку от города Алатыря. Скончался в тюремном лазарете, погребён на лагерном кладбище. Имя Игнатия включено в Собор новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода от 27 декабря 2000 г.