В апреле 1853 г. после частичного обвала стен храма просьба Игнатия была удовлетворена. Он организовал сбор средств на ремонт обители и пожертвовал часть денег из собственных сбережений. В октябре 1854 г. братия переехала в здание бывшей католической обители в центре города. 3 ноября 1854 г. Игнатий освятил церковь святых Бориса и Глеба, 27 ноября – тёплую церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери (вскоре переосвящена во имя Митрофана Воронежского). Иконостас для Борисоглебской церкви пожертвовал друг Игнатия московский священник Иоанн Зёрнов. Игнатий укреплял в православии бывших униатов Литовской епархии. По поручению митрополита Иосифа проводил ежегодные ревизии церквей. Согласно воспоминаниям современников, вникал во все подробности жизни приходов: испытывал священников в знании православного богослужения, дьячков – в чтении и пении, беседовал с крестьянами, выслушивая их просьбы и разъясняя смысл молитв, проводил испытание учеников церковноприходских школ. Распорядился убрать из храмов греко-католические иконы Иосафата Кунцевича, причисленного к лику святых католической церковью за распространение унии в западнорусских землях. Почти во всех воссоединённых церквах епархии не было иконостасов, не хватало икон православного письма. После ходатайства митрополита Иосифа (Семашко) перед императором Николаем I правительство выделило из государственной казны сумму, с помощью которой, при активном участии Игнатия, было отремонтировано и украшено большинство воссоединённых церквей. В связи с трудным материальным положением епархии, лишённой поддержки польской католической шляхты, Игнатий искал благотворителей в русских городах, вёл обширную переписку, все свои средства направлял на ремонт старых и строительство новых церквей. В 1860–1870 гг. в Гродненской губернии было выстроено 59 новых, отремонтировано 29 приходских и пять приписных храмов. На личные средства Игнатий перестроил церковь праведной Марфы на кладбище в Гродно (1868 г.), церковь на родине, в селе Сехновичи и др. Сохранились до настоящего времени церкви, освящённые Игнатием в Гродненской губернии: в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в Друскениках (ныне Друскининкай, Литва), во имя Николая Чудотворца в селе Дубно (ныне Белоруссия).