Ярополк уверял Григория VII, что его отец задним числом непременно одобрит этот шаг. Ясно, что Ярополк Изяславич не мог действовать без санкции отца, и потому самоустранение Изяслава Ярославича от прямых контактов с папой показывает, что его целью было всего лишь оказать давление на Польского князя, к которому в апреле 1076 г. действительно было отправлено папское послание в поддержку Изяслава Ярославича. Ситуация переменилась после внезапной смерти Святослава в декабре 1076 г. Летом 1077 г. Всеволод добровольно уступил киевский стол старшему брату. Результатом стало вытеснение Святославичей с их столов: Глеба – из Новгорода, Олега – с Волыни. Новгород отошёл Изяславу Ярославичу, который посадил там сына Святополка. Третий период киевского княжения Изяслава Ярославича оказался недолгим. В 1078 г. Олег Святославич с наёмными половцами захватил отчий Чернигов, изгнав оттуда Всеволода Ярославича. Изяслав Ярославич выступил на помощь брату, и осенью того же года войско Олега было разбито (битва на Нежатиной Ниве), но при этом Изяслав Ярославич погиб, а киевский стол перешёл Всеволоду. Изяслав Ярославич был погребён в Десятинной церкви; существует предположение, что под «цьркъви святыя Богородица» в летописи имеется в виду Софийский собор (Владимир Андреевич Кучкин). Печерский летописец сопроводил сообщение о гибели Изяслава Ярославича некрологом, с похвалой отозвавшись о беззлобии и бесхитростности князя: «Бе же Изяслав мужь взором красен, телом великомь, незлобив нравомь, кривды ненавидя, любя правду, клюк же в немь не бе, ни льсти, но прост оумом, не воздая зла за зло». В Житии Феодосия Печерского (согласно Юрию Александровичу Артамонову, составленном Нестором около 1107/1108 г.) смерть Изяслава Ярославича охарактеризована как христианский подвиг: «...Положи душю свою за брата своего по Господню гласу». Автор Жития пишет о живой вере Изяслава Ярославича: «Поистине бе тепл на веру, яже к Господу нашему Иисусу Христу и к Пречистей Матери Его». О церковной политике Изяслава Ярославича (помимо упомянутой вынужденной уступки братьям в вопросе о новых митрополиях) исследователям известно мало. Согласно Житию Феодосия Печерского, вскоре после вокняжения Изяслава Ярославича в Киеве возник конфликт князя и его окружения с молодым Киево-Печерским монастырём из-за пострижения Никоном Печерским без княжеского разрешения евнуха из приближённых князя (Ефрема; впоследствии митрополит Переяславский) и сына одного из бояр (Варлаама; будущий игумен Киево-Печерского монастыря). В гневе Изяслав Ярославич грозил «раскопать пещеру», а монахов «послать на заточение». Житие приписывает примирение между князем и монастырём заступничеству Гертруды, жены Изяслава Ярославича, которая убедила мужа оставить монахов в покое, т.к. аналогичные репрессии против монашества на её родине, в Польше, привели в 1030 гг. к общегосударственной смуте. Однако дело обстояло, как полагают исследователи, сложнее, и монастырю пришлось пойти на компромисс. Преподобный Никон был вынужден покинуть Киев, преподобный Антоний Печерский удалился в затвор, а настоятелем монастыря был избран юный Варлаам.