7 мая 1875 г. на заседании выборщиков в Иерусалимской патриархии в присутствии иерусалимского губернатора из шести кандидатур выбрали три, из которых в тот же день при окончательном избрании в храме Воскресения Христова большинство голосов получил Иерофей. В течение последующих трёх недель Порта не давала ответа, Иерофей тоже молчал. Лишь 22 июня состоялся его торжественный въезд в Иерусалим. Неделю спустя, в праздник апостолов Петра и Павла, в храме Воскресения Христова произошло редкое, а для XIX в. небывалое событие – поставление Иерусалимского патриарха из архимандритов, притом подначальными ему архиереями. Греки возвели на престол Иерофея вопреки желанию арабов и российской дипломатии видеть патриархом Назаретского митрополита Нифонта, хотя знали его невластолюбивый характер и стремление полностью контролировать финансы и политику Иерусалимской православной церкви. Православные арабы обратились к турецкому правительству с жалобой, в которой требовали открыть им доступ в Святогробское братство, передать народное образование в церкви под совместный контроль духовенства и мирян и дать предписание архиереям жить в своих епархиях, а не в Иерусалиме. В ноябре 1875 г. Иерофей объявил о готовности снять отлучение с Кирилла II и принять большинство требований арабов. Однако, несмотря на жёсткую позицию графа Н.П. Игнатьева, который обещал возвращение бессарабских доходов только после примирения патриарха с Кириллом II, Иерофей затягивал решение этого вопроса, опасаясь вызвать недовольство османского правительства в условиях обострения русско-турецких отношений. Только после начала русско-турецкой войны и отъезда российских дипломатов (апрель 1877 г.) Иерофей вернул Кирилла II в лоно церкви (за 4 месяца до его смерти). 19 апреля Иерусалимский Синод конфиденциально сообщил Константинопольскому патриарху Иоакиму III (1878–1884, 1901–1912 гг.) о своём решении восстановить патриарха Кирилла II в звании члена Святогробского братства и ввести его в молитвенное общение с церковью. 22 апреля бывшему патриарху была отправлена мирная грамота, подписанная всем Святогробским братством. Война 1877–1878 гг. прервала русское паломничество в Святую землю, что усугубило финансовые проблемы патриархии. Хотя после войны 75% поступлений с бессарабских имений было возвращено Иерофею, однако Иерусалимская православная церковь оставалась в сложном финансовом положении. Под предлогом экономии Иерофей ещё в 1876 г. закрыл богословскую школу Святого Креста (вновь была открыта в конце его патриаршества, в 1881 г.), типографию, урезал все субсидии народным учреждениям. Тем не менее, долги патриархии росли, новые займы и прочие поступления расхищались святогробским священноначалием. В разгар финансовых проблем в Иерусалимской православной церкви Иерофей разместил в зарубежных банках 20 тыс. фунтов стерлингов. Деятельность патриарха вызвала жёсткую критику даже в греческой фанариотской печати. Наряду с этим Иерофей по-прежнему подвергался давлению со стороны Святогробского братства, требовавшего от него подписать новый устав Иерусалимской православной церкви, который передал бы все властные полномочия патриарха Синоду. Иерофей долго уклонялся от принятия этих условий, а святогробцы укоряли его в абсолютизме, каким, по их мнению, отличался патриарх Кирилл II. Скончался Иерофей 23 июня 1882 г. После его кончины в российской печати появились предположения о насильственной смерти патриарха, которую связывали с внутренними противоречиями в руководстве Иерусалимской православной церкви.