В 362 г. по всей стране прокатилась волна погромов, организованных язычниками и молчаливо поддержанных властью. Пострадали Скифополь, Газа, Аскалон, Севастия, Панеада (Кесария Филиппова). В Газе мученики Евсевий, Нестав и Зинон были растерзаны толпой. Было разорено несколько монастырей под Газой и Аскалоном, поругана гробница Иоанна Крестителя в Севастии. В Панеаде была разбита особо почитавшаяся статуя Христа. В Скифополе осквернена могила умершего незадолго до этого епископа Патрофила. В то же время у исследователей нет достоверных сообщений о погромах в Иерусалиме и Кесарии. Одновременно в рамках политики веротерпимости, провозглашённой императором Юлианом, были начаты работы по восстановлению Иерусалимского храма, который должен был стать центром иудеев всей империи. Однако (как указывают церковные писатели) из-за землетрясения в Иерусалиме весной 363 г. и смерти императора Юлиана строительство было прекращено. Долгое время язычество сохраняло сильные позиции в Газе и её округе. В 362 г. император Юлиан лишил порт Газы Маюму статуса полиса за то, что её жители в предшествующие годы почти все перешли в христианство. Такая поддержка должна была повысить популярность местных языческих традиций. На рубеже IV и V вв., уже после закрытия всех основных языческих храмов в империи Феодосием I Великим (379–395 гг.), в Газе, по-видимому, ещё не существовало общегородского христианского храма. Святитель Порфирий Газский, став епископом этого города, должен был вести миссионерскую работу среди населения и нуждался в поддержке государства. В 402 г. император Аркадий (395–408 гг.) издал эдикт о закрытии всех языческих храмов города. В 408 г. на месте храма Марса была выстроена базилика Евдоксиана, названная по имени императрицы Евдоксии, пожертвовавшей средства на её возведение. В Палестине существовали территории компактного расселения разных религиозных общин. Так, Галилея и другие районы, смежные с Сирией и Финикией, были заселены иудеями, и образование там христианских общин происходило крайне медленно. Уже в правление императора Константина некий Иосиф, иудей, принявший христианство, попытался начать строительство церкви в Тивериаде (Тиверии, на западном берегу Галилейского моря), но местные жители изгнали его из города и заставили переселиться в Скифополь, где проживало больше христиан. В 352 г. произошло крупное восстание иудеев, которые стремились уничтожить все другие общины: христиан, язычников и самаритян. В ходе подавления восстания войсками цезаря Галла (251–253 гг.) был разрушен г. Диокесария (Сепфорис). Епископские кафедры в Галилее появились очень поздно. Епископ Тивериады впервые упомянут среди участников Эфесского собора 449 г., епископ Сепфориса – на Иерусалимском соборе 518 г. О почитании святых мест в Назарете и Капернауме впервые упоминает лишь паломник из Пьяченцы, посетивший их около 570 г. Несомненно, вплоть до персидских и арабских нашествий VII в. среди населения Галилеи преобладали иудеи, и в период захвата Палестины персами и затем арабами они поддерживали завоевателей. Самаритяне проживали в центральных районах Палестины, особенно в окрестностях Кесарии и Скифополя. Их главным религиозным центром оставалась гора Гаризим, рядом с Неаполем (ныне Наблус). В то же время в Неаполе с очень ранних времён существовала христианская община. Епископ Неаполя Герман участвовал уже в Анкирском (314 г.) и первом Никейском (325 г.) Соборах. Взаимоотношения христиан и самаритян особенно обострились со второй половины V в.