Позднейшие источники, упоминающие об Ипатии, почти не добавляют новой информации. В византийском словаре «Суда» (X в.), который, как полагают исследователи, ошибочно интерпретирует сообщение языческого философа Дамаския (VI в.), связывавшего Ипатию с философом Исидором, последний назван её супругом. Однако Дамаский лишь сравнивает их, отдавая предпочтение Исидору как геометру. Убийство Ипатии почти сразу же стало предметом спекуляций. Уже современник Сократа Схоластика арианский церковный историк Филосторгий (в изложении Константинопольского патриарха Фотия) использует этот факт для очернения «сторонников единосущия», т.е. православных). Дамаский (начало VI в.) также использует факт убийства как аргумент против христиан. В VII в. епископ Иоанн Никиуский, стремясь оправдать александрийских христиан, писал об Ипатии как о порочной женщине, которая посредством магического искусства совратила христианина Ореста в язычество. Сочинения Ипатии не сохранились. Исследователи полагают, что она помогала отцу в составлении комментария на «Альмагест» Птолемея. «Суда» упоминает среди её произведений астрономический канон и комментарии на труды александрийского математика Диофанта и на «Конику» Аполлония Пергского. Среди наиболее известных её учеников был Синесий Киренский (в 411 г. – епископ Птолемаидский). Сохранилось шесть посланий Синесия к Ипатии. В первых трёх, написанных до епископства Синесия, он жалуется на невзгоды, потерю детей и бессмысленность своего существования, сравнивая себя с пустым эхо. В следующем послании Синесий сообщает о своём намерении принять сан и вспоминает о прежних соучениках в Александрии. Чувством ностальгии наполнено и другое послание, где автор обещает никогда не забывать Ипатию, сетует на множество забот в Ливии (Киренаике), которые не дают ему возможности посетить её. Исследователи полагают, что это послание было составлено уже после рукоположения. Наиболее пространным является шестое послание. Синесий описывает конфликт с местной паствой («некоторыми неразумными»), обвинившей его в использовании в проповедях приёмов риторики и элементов языческой философии. Синесий – автор двух сочинений в защиту античной науки: «О даре астролябии» («De dono astrolabiae») и «О сновидениях» («De insomniis»); относительно последнего Синесий поясняет Ипатии, что до него никто из эллинов серьёзно не затрагивал тему природы сновидений. Синесий сообщал, что пишет собственную апологию под названием «Дион, или О своей жизни». Все три сочинения вместе с этим посланием были отправлены Ипатии. Кроме того, Синесий тепло вспоминает о времени учения у Ипатии в послании к Пеонию.