Согласно житийному рассказу, хозяин принуждал Иоанна принять ислам, однако не смог заставить его отречься от православия, более того, святой «и Магомета их прокля... заплева лице их, и веру их прокля». Тогда Иоанна отвели на гору (согласно позднейшим пересказам Жития, там находилось русское кладбище), нанесли множество ран, мечом прокололи насквозь живот и нанесли удар по шее, после чего мучители удалились, считая Иоанна мёртвым. Однако поздним вечером страдалец очнулся, его верёвки сами собой развязались. Иоанн, поддерживая руками голову, «иде к детем болярским великого князя», т.е., вероятно, туда, где жили российские послы. Предчувствуя близкую кончину, он попросил священника исповедать и причастить его. Остаток ночи Иоанн провёл в молитве и утром скончался, при этом дом наполнился благоуханием. Иоанн был погребён «в Казани, в месте сокровенне, на лесе, на старом кладбищи русском» (Российской национальной библиотеки). В позднейшей традиции местом погребения называлась Зилантова гора, но в Казани ханских времён русское кладбище находилось в другом месте, точное его расположение исследователям неизвестно. О мученичестве Иоанна сообщил патриарху Московскому и всея Руси Иову Казанский митрополит Ермоген (впоследствии патриарх Московский и всея Руси) грамотой от 9 января 1592 г. Митрополит Ермоген ходатайствовал об установлении памяти Иоанну и другим Казанским мученикам – Стефану и Петру (ум. в 1552 г.), а также русским воинам, погибшим под Казанью в 1552 г. В ответной грамоте патриарх Иов установил совершать поминовение Казанских мучеников в день кончины Иоанна: «С собором митрополиту панихида и обедня служити самому, також и по всем церквам святым – и по монастырям и по мирским – написати их и поминати... на литиях и на обеднях». Грамота Ермогена вошла в некоторые списки «Казанской истории» второго типа. Из «Казанской истории» Житие Иоанна Казанского в позднейшей редакции было перенесено в 1692 г. в «Скифскую историю» Андрея Ивановича Лызлова. Грамота Ермогена была известна архиепископу Платону (Любарскому) по рукописному сборнику, составленному в конце XVIII в. Имя Иоанна Казанского вошло в Устав служб московского Успенского собора, составленный по распоряжению патриарха Филарета (Романова) во второй четверти XVII в., а также в месяцеслов Российской национальной библиотеки 1626 г. (под 21 января и 24 марта), в Месяцеслов середины 1650 гг. келаря Троице-Сергиева монастыря Симона (Азарьина; под 24 января: «Святаго мученика Ивана синклитика, Нижгородскаго, страдавша в Казани от безбожных в лето 7037»; под 24 марта: «В день 24 страдание святаго священомученика Ивана, иж в Казани от безбожных татар» (Российская государственная библиотека), в святцы третьей четверти XVII в. Российской национальной библиотеки (под 24 января: «Иоанн воин, родом нижегородец»); под 24 марта: «Мученик Иоанн, иже в Казани»), в «Описание о российских святых» (сочинение известно исследователям в списках XVIII–XIX вв.).