Основными источниками в древней истории для «Хроники» Иоанна Никиусского послужили ранние ромейские хронографы, в основном, всемирная «Хронография» Иоанна Малалы и анонимная «Пасхальная хроника». При изложении же церковной истории Иоанн Никиусский опирался на «Церковную историю» Сократа Схоластика. В главах, посвящённых Египту, Иоанн Никиусский использовал также местные предания, в частности, коптский «Роман о Камбисе». Находка его папирусного отрывка была сначала даже истолкована как открытие оригинала хроники Иоанна Никиусского. «Хроника» Иоанна Никиусского содержит исторические сведения, отсутствующие в других источниках. Исследователи считают наиболее ценными её разделы, где описываются события начала VII в. Так, Иоанн Никиусский раскрывает подробности мятежа фракийских армий в 602 г., за которым последовало свержение императора Маврикия с узурпатором Фокой. Свидетельство Иоанна Никиусского существенно улучшает понимание исследователями этого периода и, в частности, того, как начался в Карфагене успешный мятеж Ираклия (информация о последней войне с Персией утрачена). Другой важный раздел «Хроники» касается вторжения в Египет мусульманской армии под предводительством Амра ибн Аль-Аса. Исследователи полагают, что Иоанн Никиусский не был очевидцем этого, и вторжение произошло поколением раньше. Но он описывает главные события кампании Амра ибн Аль-асы, такие как взятие римской крепости Вавилона Египетского и захват Александрии. Хотя события описаны живо, их хронологию исследователи считают местами сомнительной. Исследователи подчёркивают, что при этом «Хроника» Иоанна Никиусского заведомо тенденциозна. Он не принимает решений Халкидонского собора 451 г. И, начиная с V в., Иоанн Никиусский рассматривает события имперской и египетской истории с монофизитской точки зрения. Причём те императоры и церковные деятели Римской империи, которые были сторонниками диофизитства, как правило, представлены в «Хронике» Иоанна Никиусского упорствующими в своих заблуждениях и нравственно ущербными. Этим они навлекают на себя и на государство божественные кары. Иоанн Никиусский благодарен мусульманам за то, что они не разрушили христианские святыни святыни, однако вместе с тем отмечает их многочисленные злодеяния против египетского населения. В некоторых случаях налоги были столь обременительны, что семьи были вынуждены продавать в рабство своих детей. Иоанн Никиусский не забывает суровыми словами упомянуть многочисленных египтян, которые перешли в ислам. Описывая арабское вторжение в Египет, Иоанн Никиусский следует своей антихалкидонитской идее: исламский захват своей родины он представляет как божественное наказание за широко распространившуюся ересь. В заключении своей «Хроники» он рассказывает об отчаянии, охватившем жителей завоёванной Александрии: «Никому не сосчитать скорбь и плач этого города… И некому помочь им, и Бог разрушил их надежды и отдал христиан в руки врагов их».