В 1595 г. Ипатий Поцей вместе с Острожским епископом Кириллом Терлецким отправился в Рим с соборной грамотой западнорусских епископов к папе. Внешний блеск католического культа и то обстоятельство, что православные, преследуемые польским правительством, начали сближаться со своими товарищами по несчастью – протестантами, сделали Ипатия Поцея убеждённым католиком. Уния, привезённая им из Рима, совершенно не соответствовала поэтому идеалу князя Константина Константиновича Острожского и других православных, которые, «скорбя о церкви Божьей», желали только иерархического соединения церквей, требуя полной неприкосновенности догматов и обрядов. Между тем уния, бывшая делом Ипатия, заключала в себе католическое учение; из православных обрядов были оставлены только те, которые не противоречили этому учению. Несмотря на всеобщее неудовольствие, Ипатий Поцей горячо принялся за распространение унии. Для достижения своей цели Ипатий Поцей успешно использовал свои литературные таланты. В своих проповедях обличал православных за их связь с протестантами, убеждал их принять унию. Для достижения своей цели Ипатий Поцей не отступал перед насилиями и интригами. Литература тоже служила ему средством для борьбы. С этой целью Ипатий Поцей издал в 1605 г. брошюру: «Уния греков с костёлом римским», в 1608 г. – «Гармонию восточной церкви с костёлом римским», в 1598–1600 гг. три раза издавал составленное по его поручению сочинение «Антиррисис», в приложении к которому помещал свои статьи. Его проповеди (изданы после смерти Ипатия Поцея в 1674 г. и переиздавались несколько раз) преследовали ту же цель. По мнению исследователей, все эти сочинения свидетельствуют об учёности и образованности Ипатия Поцея. Полемические приёмы Ипатия Поцея очень резкие, тон раздражительный, грубый. Особенным богословским содержанием, по мнению исследователей, отличается его ответ Александрийскому патриарху Мелетию (Пигасу). В процессе подготовки унии Ипатию Поцею и епископу Кириллу (Терлецкому) содействовал грекокатолический священник Пётр Аркудий. В 1601 г. православный архимандрит Иларион (Масальский) торжественно предал Ипатия Поцея анафеме в церкви Супрасльского монастыря, за что был привлечён Ипатием Поцеем к суду и декретом польского короля Сигизмунда III от 19 января 1602 г. был осуждён на изгнание из отечества; 8 августа 1607 г. Иларион (Масальский) обратился к митрополиту Ипатию Поцею с просьбою о прощении, и ему дозволено было возвратиться в Супрасльский Благовещенский монастырь, где он и провёл последние дни. Ипатий Поцей похоронен в крипте Успенского собора во Владимире-Волынском.