Вскоре после смерти устроителя монастыря, в январе 1909 г., Святейший Синод опубликовал рескрипт от 12 января того же года императора Николая II на имя митрополита Санкт-Петербургского Антония (Вадковского) и вынесенное Синодом во исполнение оного определение от 15 января, которым, в частности, «Иоанно-Богословский в Санкт-Петербурге женский монастырь, в коем покоится ныне тело почившего» возводился в степень первоклассного. В 1919 г. обитель была обращена в трудовую коммуну, в 1923 г. – ликвидирована (сёстры жили в ней ещё три года), церковь отдали под клуб, а другие здания, где жили около 60  монахинь, в 1926 г. передали Государственному научно-мелирационному институту, вход в усыпальницу Иоанна Кронштадтского был замурован. После захвата в 1922 г. епархиального управления в Петрограде сторонниками обновленчества, община обители примкнула к так называемой Петроградской автокефалии, во главе которой после ссылки архиепископа Алексия (Симанского) стал епископ Николай (Ярушевич). После его ареста и ссылки, 12 мая 1923 г., под давлением властей, движимое и недвижимое имущество монастыря было передано обновленческой общине (двадцатке); 19 мая того же года губисполком принял решение о ликвидации монастыря, что удалось осуществить только в ноябре (ввиду протестов обновленческого руководства). Почти все монахини были в начале 1930 гг. арестованы и приговорены к ссылке в Казахстан. Помещения монастыря были заняты квартирами и различными учреждениями, а в усыпальнице во время Великой Отечественной войны было устроено бомбоубежище. В ноябре 1989 г. монастырь был передан епархии и открыт как подворье Пюхтицкого монастыря; 1 ноября, в день рождения Иоанна Кронштадтского, состоялось освящение нижнего храма во имя святого Иоанна Рыльского. 12 июля 1991 г., в день престольного праздника, патриарх Алексий II (Ридигер) освятил верхний храм во имя двенадцати апостолов. Монастырь является ставропигиальным с 25 декабря 1991 г. Настоятельницей с 29 апреля 1992 г. по 9 ноября 2013 г. была игуменья Серафима (Волошина), с 25–26 декабря 2013 г. – монахиня (с 2 апреля 2014 г. – игуменья) Людмила (Волошина). Богослужения совершаются ежедневно.