Вскоре святой вновь был отправлен в ссылку, где и провёл несколько лет до тех пор, пока не умер император Лев V (декабрь 820 г.). После освобождения он отправился в Херсонес и обосновался там вместе с другими монахами (упоминание этого города даёт исследователям сведения о месте последней ссылки Иоанна Психаита – Крыме). Вскоре после этого он сподобился за свои подвиги особой милости от Господа: однажды во время совместной молитвы с братьями из его уст вышел огонь и поднялся в небо; после этого Иоанн Психаит получил дар исцеления и изгнания нечистых духов. К нему стали приходить люди из всех близлежащих областей, но он захотел вернуться в Константинополь, чтобы избежать суеты от большого стечения людей. Призвав своего ученика Парфения, Иоанн Психаит отправился в путь. Людям же обещал вернуться, чтобы они пропустили его и позволили уйти. Большая толпа вышла из города провожать святого. Иоанн Психаит и Парфений прибыли в столицу, где Иоанн Психаит поклонился всем святыням, а затем направился в свой монастырь. Вскоре после возвращения он сильно заболел и предсказал ученику точный день своей кончины. Иоанн Психаит призвал всю братию монастыря и наставлял их, пока не предал дух в руки Господа. Сразу же над его телом стали совершаться чудеса исцеления. Исследователи полагают, что кончина святого наступила во время правления императора Михаила II Травла, т.е. около 820–829 гг. Авторы «Просопографического словаря» средневизантийского периода говорят о неточности датировок в тексте Жития. Так, ставится под сомнение указание на правление императрицы Ирины во время основания монастыря Пресвятой Богородицы «тон Психа»: в этом месте Жития говорится о неких «правителях» в мужском роде, и только затем упоминается императрица Ирина. Таким образом, имя императрицы, по мнению исследователей, может быть более поздней вставкой, а события происходили во время правления другого императора; или же можно говорить о том периоде, когда императрица Ирина была соправительницей своего сына Константина VI, т.е. около 780–797 гг. Житие святого исследователи также считают ценнейшим источником информации об образовании в Византии в начале IX в., что неоднократно отмечалось разными учёными. В Синаксаре Константинопольской церкви содержится заметка об Иоанне Психаите под 24 мая. Отдельные рукописи также указывают день его памяти 23, 25, 26, 28 и 30 мая. В греческой Минее (Венеция, 1895 г.) память святого значится под 7 мая; эта дата отмечается Элладской православной церковью как день памяти святого. В важных памятниках Студийского устава (Студийско-Алексиевском 1034 г., Евергетидском второй половины XI в. и Мессинском 1131 г. Типиконах) Иоанн Психаит не упоминается, хотя в рукописных славянских Минеях студийской традиции (например, Исторического музея, XII в.) 23 мая исследователи встречают последование Иоанну Психаиту, включающее минимальный набор песнопений: канон, цикл стихир, седален. В одной из ранних редакций Иерусалимского устава, сохранившейся в рукописи XII–XIII вв., память Иоанна Психаита отмечается 27 мая (совершается служба с пением на утрене «Аллилуия»), однако в более поздних редакциях, включая современные богослужебные книги, последование Иоанна Психаита отсутствует. По рукописям исследователям известны песнопения в честь Иоанна Психаита: канон, составленный гимнографом Феофаном, с акростихом «Иоанна божественного воспою всей душой» плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа, ирмос со второй песнью; седален.