Мюнстер осадили войска бывшего правителя принца-епископа Франца фон Вальдека, но, несмотря на помощь католических и протестантских правителей, захватить город не удавалось. На Пасху 1534 г. Я. Матис предрёк конец света. Его вера в собственное пророчество была так велика, что 5 апреля 1534 г. он совершил атаку на осаждавшие город войска, во время которой погиб. После его гибели мюнстерских анабаптистов возглавил 25-летний Иоанн Лейденский. Он создал управляющую структуру, которая помогала поддерживать баланс между интересами эмигрантов из Вестфалии и Нидерландов и интересами коренных мюнстерцев. С апреля по сентябрь 1534 г. городом управляли так называемые 12 старейшин Израилевых. Себя же Иоанн Лейденский провозгласил новым «воинственным царём Давидом», который должен управлять миром и готовить его к возвращению Христа, «мирного Соломона». Осаждённые мюнстерцы жили коммуной. Церковное имущество и имущество бежавших горожан было конфисковано. Деньги выведены из обращения, всё, что было необходимо для жизни, распределялось среди населения по установленным нормам. Были введены всеобщая трудовая и воинская повинность. В июле 1534 г. «царь Давид» единоличным решением ввёл в Мюнстере полигамию. Потребовалась неделя для того, чтобы убедить проповедников в правильности его интерпретации фразы из книги Бытие: «Плодитесь и размножайтесь» (Быт. 1:28). Главной женой и королевой стала вдова Я. Матиса – Девора, он также взял в жёны дочь своего соратника Б. Книппердоллинга. Всего у него было 16 жён, одну из которых, Элизабет Вандсхер, он казнил за непослушание. Иоанн Лейденский обещал освободить город от осады к Пасхе 1535 г., но не смог этого сделать, однако и войска епископа, несмотря на многочисленные атаки, не могли его захватить. 25 июня 1535 г. Мюнстер был взят, чему способствовало предательство Генриха Гресбека (мемуары Г. Гресбека стали единственным источником сведений по истории Мюнстерской коммуны). Иоанн Лейденский был взят в плен. 22 января 1536 г. он был предан публичной казни вместе с Б. Книппердоллингом и Генрихом Крехтингом. Его тело и тела его сподвижников были подвешены в клетках, спущенных с башни церкви св. Ламберта. Кости из клеток были убраны только через 50 лет, а клетки можно увидеть на башне и сегодня.