Индифферентизм в отношении религии во многом обусловлен особенностями психологии людей, профессионально не связанных с выполнением религиозных функций, занятых в производственной, научной, политической, военной, светской образовательной и других областях, немыслимых без более или менее адекватного отражения тех или иных явлений и процессов. Отношение религиозных организаций к индифферентизму всегда было негативным. В Древнем Риме пренебрежение ритуалами, посвящёнными древнеримским богам, считалось святотатством (secrilegium). Индифферентизм в отношении религии осуждался и христианством. В церковных документах фиксировались многочисленные факты нежелания верующих посещать церковь, совершать обряды, внимать религиозным проповедям. «Нейтралитет в делах веры», «преступное равнодушие к истинной религии» поборники православия считали «общественным врагом». Василий Васильевич Зеньковский видел в нём «обращение веры в нуль, в ничто», «одичание и огрубление души» и оценивал «принцип нейтральности культуры» как роковую болезнь века. В принципе враждебен индифферентизму и протестантизм, который сделал религиозность внутренним миром человека. Роль индифферентизма в отношении религии состоит в том, что по мере своего распространения он способствует постепенной утрате человечеством мистико-религиозных приоритетов, позволяя ориентировать сознание на познание действительности научными, философскими и художественными средствами. Противоположная индифферентизму крайность – фанатизм, ему не чужда и философия. Обе крайности обусловлены психологически различием темпераментов, но помимо этого индифферентизм всегда искал себе теоретического оправдания, переходя таким образом в скептицизм. Кроме скептических соображений философского характера, индифферентизм находит себе общедоступную опору в фактическом существовании множества отрицающих друг друга систем и учений. Для ума, вышедшего из состояния непосредственной уверенности, но не имеющего возможности или охоты к самостоятельному исследованию высших начал, индифферентизм представляется самым естественным исходом. Однако не следует думать, что эта точка зрения непременно совпадает с широким отношением к чужим убеждениям и верованиям, т.е. с веротерпимостью. Признавая все учения теоретически ложными или, по крайней мере, недостоверными, можно некоторые из них считать практически вредными и беспощадно преследовать (как преследовались, например, христиане неверующими римскими чиновниками или китайскими мандаринами). Таким образом, веротерпимость, не совместимая с тёмным фанатизмом, не всегда совмещается и с его противоположностью – полупросвещённым индифферентизмом; она может быть действительно обеспечена лишь во имя безусловного начала справедливости, при вере в превосходство нравственной силы над физической.