Колокольня разобрана в довоенное время, по мнению исследователей, в 1938 г., когда проводился капитальный ремонт церкви для приспособления под аренду. К этому времени церковь Ильи Пророка была закрыта и взята на государственную охрану. В годы Великой Отечественной войны памятник был повреждён незначительно. В 1950–1952 гг. под наблюдением Любови Митрофановны Шуляк проведён ремонт. Тогда же при приспособлении под жильё церковь была обезглавлена, утрачены поддерживающие барабан арки и своды (за исключением свода северо-западного компартимента), на втором этаже разобраны восточные столпы, основной объём разделён на три – четыре этажа и перегорожен многочисленными перегородками. Частичные исследования церкви Ильи Пророка (подземных её частей у стен апсид), проведённые в 1981 г. под руководством Л.И. Большакова, показали, что храм 1198–1202 гг. полностью перестроен в 1455 г. с сохранением фундаментов и нижних частей стен на высоту около полуметра. Формы и конструкции XV в. сохранились частично (утрачены барабан с главой, почти все своды и арки, восточные столпы, значительная часть декора). В результате исследований Нинель Николаевны Кузьминой и Златы Анатольевны Гаевской в 1997 г. сделаны предварительные выводы относительно архитектурных форм церкви Ильи Пророка XV в. и её графической реконструкции. Церковь Ильи Пророка XV в. имеет большое сходство с постройкой XII в. Это – один и тот же тип квадратного в плане храма, трёхапсидного, четырёхстолпного, одноглавого с закомарным завершением, с хорами и утолщённой западной стеной, внутри которой лестница. В XV в. появилось подцерковье, перекрытое бревенчатым накатом, на полатях – приделы Николы и Космы и Дамиана. Придел Кира и Иоанна располагался в двухэтажной южной пристройке, сооружённой, по мнению исследователей, одновременно с храмом. Исследователи полагают, что к XV в. относится и западная паперть. Северная пристройка, где был придел Спаса, выстроена в 1838 г. взамен сгоревшей церкви Всемилостивого Спаса конца XVIII в., которая стояла поблизости на крепостном валу. Церковь Ильи Пророка XII в., заложенная в один год с церковью Спаса Преображения на Нередице (1198 г.), хотя и отличалась от неё размерами (церковь Ильи Пророка 13,5×17,8 м, церковь Спаса Нередицы 12,2 х 16,9 м), но обнаруживала, по мнению исследоватеелй, большое с ней сходство. В 2014 г. церковь Ильи Пророка была передана Русской православной старообрядческой церкви, которая приступила к подготовке её научной реставрации.