С приходом советской власти в церкви расположили клуб, позднее использовали её как склад. После Великой Отечественной войны в церкви открыли музей Богдана Хмельницкого. В 1954 г. по проекту архитектора Исроеля Лейзеровича Шмульсона в церкви было установлено символическое гранитное надгробие Богдана Хмельницкого. В 1978 г. архитектором Сергеем Константиновичем Килессо была завершена реставрация, во время которой была разобрана галерея между церковью и колокольней, церковь восстановлена в первоначальном виде. В 1990 г. церковь была возвращена религиозной общине. В 1990 гг. иконостас был восстановлен на основе фотографий 1888 г. (проект С.К. Килессо, резьба по дереву под руководством Ивана Физера). В 1995 г. черепицу на крыше заменили на красную листовую медь. Изображение церкви присутствует на обратной стороне пятигривневой купюры. Из двух старых церквей Суботова Михайловской и Ильинской в настоящее время уцелела только Ильинская. Эта каменная церковь стоит на горе, господствуя над селом. Раньше рядом с церковью располагалось древнее кладбище, заросшее травой и кустарниками. На этом кладбище стояли старинные надгробные памятники – низкие массивные кресты, сделанные из известняка, разнообразной формы с полуистёртыми надписями. Исследователи полагают, что тип Ильинской церкви взят с западных образцов, например, каменных костёлов. Церковь, имеет обыкновенный характер тогдашних католических церковных построек, т.е. имеет условную форму базилики или продолговатого четырёхугольника, алтарь помещается в полукруге или апсиде, имеющей внутри и снаружи шесть граней. Церковь покрыта коробовым сводом и имеет двускатную крышу с фронтонами. Внутри церкви к северной и южной стенам, между окнами, приставлены два столба; на них перекинута арка, поддерживающая и укрепляющая свод. Широкая арка также ведёт из церкви в алтарную апсиду. Эти поперечные арки так же (как и коробовые своды) – круглые. С севера и юга церковь имеет по два окна; в алтаре – четыре небольших круглых окна. Над дверью западной стены есть также круглое окно, освещающее хоры; последние поддерживаются двумя столбами и выходят в храм тремя арками. Перед входной дверью – длинная, узкая и низкая пристройка (паперть), соединяющая церковь с колокольней; эта пристройка, равно как и самая колокольня выстроены в 1860 гг. священником Орловским, ремонтировавшим разрушавшееся здание. Наружный вид храма представляет для исследователей интерес своими двумя высокими фронтонами, западным и восточным, отделка которых (с уступами в виде буквы «S») напоминает как некоторые католические храмы Юго-Западной Украины (например, костёл в Летичеве или корпус конвикта монастыря иезуитов в Виннице). Внешний вид Ильинской церкви также похож на фасады домов и других зданий эпохи Возрождения и XVII в. во Франции, Германии и Бельгии. Алтарь на фасаде выражен тем, что он уже главной части здания и имеет полукруглую или, по мнению исследователей, многогранную крышу. Башенку на крыше в 1860 гг. переместили и разместили над алтарём. Потом башенку вернули на середину церкви, так, как изображено на рисунке Тараса Григорьевича Шевченко. В 1869 г. рядом с церковью были построены колокольня и галерея, которая соединяла её с церковью. В июле 1845 г. Т.Г. Шевченко во время путешествия по Украине побывал и в Суботове. Он выполнил несколько рисунков, в том числе нарисовал и Ильинскую церковь (рисунок «Богданова церковь в Суботове» вошёл в его альбом 1845 г.).