В отличие от других обновленческих общин, подчёркивавших свою лояльность советской власти и непричастность к контрреволюционным действиям, Ильинская община отличалась активностью и оппозиционностью. Деятельность отца Василия привлекла внимание НКВД. 9 декабря 1931 г. он был арестован и 18 апреля 1932 г. осуждён Особым Совещанием при Коллегии ОГПУ города Москвы по ст. 58 п. 10 УК к трём годам концлагеря. После отбытия срока отец Василий был освобождён, и ему разрешили поселиться во Владимире. Позже он вернулся в Нижний Новгород, но был снова арестован и приговорён к расстрелу в 1937 г. Церковь, оставшаяся без настоятеля, управлялась обновленческим «митрополитанским управлением» и быстро пришла в упадок. 9 сентября 1933 г. в Горьковский горсовет поступило заявление от заместителя настоятеля церкви митрополита Иоанна Миртова (архиепископа Иннокентия) с поручением от приходского совета Ильинской церкви, в котором содержалась просьба закрыть храм: «Ввиду того, что община …слишком малочисленная и бедная, по своему местоположению не может привлечь молящихся, которые могли бы поддерживать материальное положение церкви, затем часто совершающиеся в ней кражи (в течение года 6 раз), которые также подорвали её материальное положение. Плюс ко всему этому имеющаяся налоговая задолженность, которую община выплатить не в состоянии, – просим Горьковский городской Совет расторгнуть договор с общиной и выделить представителя для приёма церковного имущества Ильинской церкви». Президиум Свердловского райсовета 10 сентября 1933 г. вынес решение о закрытии церкви. Постановлением от 27 сентября её здание закрепили за Краевым Архивным Управлением, решив приспособить его под секретный архив. Тем не менее, 11 октября Президиум райсовета предоставил здание под мастерскую пошива обуви и 25 октября Горфинотдел продал церковь Кожснабсбыту, который начал переоборудовать здание. Между тем, только 28 октября последовало постановление Президиума Горьковского крайисполкома о ликвидации храма и передаче здания под архив. Должностные лица ведомств, запутавшие дело о передаче здания церкви понесли дисциплинарное наказание. Далее история здания на долгое время пропадает из официальных документов. В 1977–1982 гг. здание Ильинской церкви использовалось под хлебопекарню №3 Хлебозавода №7, а позже, до 1994 г. – Нагорного хлебокомбината. Богослужения возобновлены в 1995 г. Позже проводились реставрационные работы по проекту архитектора А.Г. Челышева. 27 июля 2004 г. освящён и воздвигнут крест на колокольню. К 2014 г. были восстановлены четыре малых главки с куполами. Здание церкви кирпичное. Основные габариты в плане – 30,68 x 18,17 м. Фундаменты бутовые ленточные. Стены сложены из красного глиняного кирпича на известково-песчаном растворе, оштукатурены и окрашены. Четверик перекрыт сомкнутым сводом, на котором расположен световой барабан. Перекрытие в трапезной, в основном, плоское. Алтарные апсиды перекрыты конхами. Притвор перекрыт системой кирпичных крестовых сводов. Нижний ярус колокольни – кирпичным крестовым сводом с распалубком. Несущие конструкции крыши – стропильные деревянные. В 1930 гг. при приспособлении здания церкви под цех хлебозавода с западной стороны появился одноэтажный пристрой, выполненный из силикатного кирпича (бывшая котельная, позже – склад). Святыней храмая является икона с частицами мощей святых преподобных Иова и Амфилохия Почаевских.