Все эти более ранние последователи выступали против того, что они рассматривали как отказ от излюбленной приверженности святого Франциска корпоративной бедности по инициативе Элиаса. Примером этого является великолепие новой базилики Святого Франциска и Сакро Конвенто, которую Элиас проектировал как место упокоения святого основателя. Первоначально Элиас искал поддержки святой Клары Ассизской, первой и самой любимой женщины-последователя святого Франциска, вместе с которой основал женскую «ветвь» францисканского Ордена. Однако она не приняла Элиаса, поскольку жила в одиночестве в Сан-Дамиано и не хотела отвлекаться от своей созерцательной жизни. Во время своего правления Элиас усиленно работал, чтобы способствовать росту Ордена, отправил монахов в новые земли; санкционировал строительство больших резиденций в монастырском стиле в городах, которые должны были служить центрами обучения. Это было отклонением от бродячих традиций Ордена с его маленькими и разбросанными резиденциями или отшельниками. Такое развитие событий должно было иметь два последствия. Во-первых, он ввёл в Орден большие группы растущего духовенства, что стало источником трений с местным духовенством в городах, поскольку верующие искали духовных услуг монахов, а не своих приходских церквей. Во-вторых, росло различие между монахами, которые жили в устоявшихся общинах (монастырях, называемых конвентуалами), и «спиритуалистами», которые стремились следовать первоначальному образу жизни Франциска. Около 1238 г. папа Григорий IX послал Элиаса послом к отлучённому от церкви императору Священной Римской империи Фридриху II; исследователи полагают, что в результате Илия стал сторонником императора. Общий капитул Ордена состоялся в Риме в 1239 г. Из отчёта монаха Томаса из Экклстона об этом капитуле исследователи сделали вывод, что одним из главных ораторов против Элиаса был монах Хаймо из Фавершема. Элиас был смещён с должности генерального министра Ордена. После смещения Элиаса Альберт Пизанский, провинциальный министр Англии, был избран генеральным министром. Элиас отправился в Кортону, где без разрешения посетил дом Бедных Кларов. Альберт был готов отпустить его, но вместо этого Элиас отправился в город гибеллинов Ареццо, и Григорий IX отлучил его от церкви. Альберт умер в течение первого года своей работы в должности генерала, и Хаймо был избран на эту должность в 1240 г. В 1240 г. Элиас окончательно поддержал императора в его борьбе с Римом и присоединился к армии императора, верхом на великолепном коне при осаде Фаэнцы и Равенны. Как следствие своего поведения, сам Элиас был отлучён от церкви папой Григорием IX и исключён из Ордена. Приписывание ему некоторых алхимических рукописей часто подвергается сомнению. Незадолго до смерти Элиас примирился со святым престолом и, при посредничестве святой Клары, с Орденом францисканцев. В апреле 2016 г. «Ave Maria Press» опубликовала первую в истории популярную историю о жизни Элиаса Кортонского («Энтузиаст: как лучший друг Франциска Ассизского почти разрушил то, что он начал»), о которой «Америка» (журнал иезуитов) сообщила в своём обзоре.