Однако православные духовные лица и миряне продолжали апеллировать к католическим властям, и 26 ноября 1533 г. по просьбе Иосифа III Русина Сигизмунд I дал грамоту, запрещавшую «князьям, панам, воеводам, наместникам, тиунам, старостам и боярам» вмешиваться в дела православной церкви, «чинить гвалт и кривды» людям, живущим на церковной земле. В грамоте говорилось о том, что местные власти должны принуждать православное духовенство подчиняться своему архипастырю, а непокорных выдавать митрополиту. Король отправил своего дворянина, чтобы тот устно передал распоряжение не препятствовать православному митрополиту судить духовенство и церковных людей. В противном случае королевский эмиссар должен был насильно представлять священников и мирян на суд митрополита. Иосиф III Русин имел судебный спор о земельном владении с канониками виленского католического собора св. Станислава. Король грамотой от 25 февраля 1532 г. призвал католическую сторону исполнить требования суда и православного иерарха. В 1527 г. католическое духовенство Гнезненской провинции добивалось от короля возобновления запрета на строительство православных храмов и разрушения уже поставленных. Светская власть не пошла навстречу этому требованию. На время управления Иосифом III Русином Западнорусской митрополией приходится важный шаг в восстановлении православной церковной организации на территории Львовской епархии. В 1526 г. митрополит назначил с санкции короля своим наместником в этом диоцезе архимандрита львовского монастыря св. Георгия Исаакия (Гдашицкого). В 1522 г. князь Константин Иванович Острожский сделал большой земельный вклад в виленский Успенский собор с условием совершения ежедневных поминальных служб по князьям Острожским. Митрополит дал письменное обязательство, что это условие будет соблюдаться. По примеру своего предшественника Иосиф III Русин добился в 1528 г. выдачи королевской грамоты, по которой в случае его смерти князя Константин Иванович должен был стать опекуном имущества кафедры вплоть до поставления нового митрополита. Иосиф III Русин стремился сдерживать светских патронов церквей и монастырей, всё больше вмешивавшихся в церковную жизнь. Незадолго до смерти Иосиф III Русин «уступил» митрополию Луцкому и Острожскому епископу Макарию, который должен был управлять после его смерти. Католические и униатские писатели XVII–XVIII вв. признавали, что Иосиф III Русин был противником унии.