Водлозерский храм вместе с бревенчатой рублёной оградой (одной из очень немногих сохранившихся на Русском Севере) образует небольшой выразительный ансамбль, который является уникальным памятником деревянного зодчества. В 1869 г. пудожский корреспондент «Олонецких губернских ведомостей» Виктор Рудольфович Чевский в статье о Водлозерье ошибочно отождествил Ильинский погост с расположенным неподалёку Юрьегорским во имя Святой Троицы монастырём: «В Писцовой книге 7136 и 7137 (1628–1629) годов говорится, что в Водлозерском погосте, в пустоши, на Юрьевой горе, подле Каргопольского рубежа строит вновь монастырь (вероятно, Ильинский) старец Демьян, им была уже поставлена тогда церковь Святой Троицы “древяна клецки”». Слова в скобках («вероятно, Ильинский») – домысел В.Р. Чевского. Другой исследователь, дословно повторив эту цитату из статьи В.Р. Чевского (без ссылки на неё), пришёл в выводу, что Ильинский погост являлся в древности «монастырским комплексом». Г.А. Кутькова и Ю.В. Линник на основе той же ошибки В.Р. Чевского предположили, что в XVII в. преподобным Дамианом Юрьегорским (Диомидом Иерофеевичем) на Водлозере была построена несохранившаяся Илиинская церковь. В действительности причастность Дамиана Юрьегорского к строительству Илиинской церкви источниками не подтверждается. В 1928 г. храм был закрыт, последний священник Н.В. Лутоев в начале 1930 гг. репрессирован. Ильинский погост пребывал в запустении, постройки разрушались. В 1950 гг. здесь под руководством Александра Викторовича Ополовникова были проведены противоаварийные работы. В 1991 г. на территории Водлозерья был создан Национальный парк «Водлозерский». Реставрация Илиинской церкви, колокольни и ограды осуществлена по инициативе администрации парка в 1999–2006 гг. (авторы проекта Г.А. Кутькова и В.Н. Куспак). Со 2 августа 1995 г. в Илиинской церкви совершались нерегулярные богослужения, с начала XXI в. – регулярные. Храмовые иконы находятся в Музее изобразительных искусств Республики Карелии (среди них – шедевр древнерусской иконописи «Огненное восхождение Илии Пророка», 1647 г.) и в музее-заповеднике «Кижи» (Петрозаводск). Для отреставрированного Илиинского храма написаны новые иконы художниками Юрием и Ириной Грецкими (Санкт-Петербург).