Хотя сербская сторона анафему не признала, Иоанникий II до конца жизни пытался преодолеть сложившуюся ситуацию (анафема была снята в 1375 г.). Летом 1354 г. царь призвал Иоанникия II в монастырь Жича, по мнению исследователей, для обсуждения переговоров с папой Римским Иннокентием VI об оказании помощи в борьбе с венграми и турками. Иоанникий II выступал против подобных переговоров, т.к. условием оказания помощи могло стать подчинение Сербской церкви Риму. Во время пребывания в Жиче патриарх заболел и пожелал, чтобы его перенесли в Печ. Скончался по дороге в селе Полумир на реке Ибар. Похоронен в церкви св. Апостолов в Печской патриархии. Саркофаг с его мощами стоит слева от иконостаса. Был канонизирован, по мнению исследователей, вскоре после смерти, т.к. на фреске, изображённой над гробницей (около 1355 г.), он уже называется святым. Краткое Житие Иоанникия II было составлено в конце XIV в. в качестве дополнения к сборнику Житий королей и архиепископов сербских архиепископа Сербского Даниила II. Службу Иоанникию II, «архиепископу и первому патриарху Сербскому», написал митрополит Сербский Михаиил (Йованович) и включил её в состав «Србляка» (1861 г.). Прижизненное изображение Иоанникия II находится рядом с портретами Стефана IV Душана, его сына Уроша и св. Саввы Сербского на южной стене западного нефа в церкви великомученика Димитрия Солунского в Печской патриархии (около 1345 г.). Иоанникий II, ещё как архиепископ, представлен в нетрадиционном для византийской культуры тёмно-красном облачении с вышитыми на нём образами святых и в головном уборе, похожем на корону. Сцена «Погребение патриарха св. Иоанникия II» (около 1355 г.) над гробницей святителя в церкви св. Апостолов в Печской патриархии исследователи считают лучшим из подобных изображений в сербской живописи. Множество священников и вельмож окружают смертный одр, в службе участвуют епископы, диаконы, певцы и чтецы, мальчик в стихаре взмахивает кадильницей, на заднем фоне весьма достоверно изображён комплекс Печской патриархии, а венчает сцену фигура Христа. Как архиепископ Иоанникий II изображён в церкви Святой Троицы монастыря Сопочани (1342–1345 гг.), как патриарх – в северо-западном углу притвора собора монастыря Дечаны (около 1350 г.) и в алтаре соборной церкви в Белграде.