В связи с изменившимися условиями существования церкви и появлением новых возможностей для развития церковной печати архиерейский Собор РПЦ 1994 г. определил считать Издательский отдел исполнившим своё предназначение; вместо Издательского отдела был создан Издательский совет Московского патриархата как коллегиальный орган, состоящий из представителей синодальных учреждений, духовных школ, церковных издательств и других учреждений РПЦ. В его задачи входили координация деятельности церковных издательств, оценка предлагаемых к публикации рукописей. 7 октября 1995 г. было принято Положение об Издательском совете, которому с 6 октября 1999 г. был придан статус синодального отдела. Издание центральных органов церковной печати и церковного календаря решением архиерейского Собора 1994 г. было передано в ведение Московской патриархии. 22 февраля 1995 г. Священный Синод учредил для издания центральных церковных печатных органов и календаря на основе незадолго до того созданного издательского дома «Хроника» Издательство Московской Патриархии. Обязанности директора Издательства Московской Патриархии исполнял Одинцовский архиепископ Иов (Тывонюк; ныне митрополит). 17 июля 1995 г. решением Священного Синода председателем Издательского совета и главным редактором Издательства Московской Патриархии был назначен Бронницкий епископ Тихон (Емельянов; ныне архиепископ). Главное внимание в работе уделялось организации деятельности Издательства Московской Патриархии. Были преодолены проявившиеся в первой половине 1990 гг. трудности в издательской работе; издательский процесс был компьютеризован, увеличилось и обновилось полиграфическое оборудование, особое внимание было обращено на совершенствование оборудования для цветной полиграфии, а также на состыковку издательского и типографского процессов. Был возобновлён регулярный выпуск ЖМП (ранее отстававший в сроках выхода), существенно изменилось художественное оформление журнала – фотоиллюстрации стали цветными, их количество значительно увеличилось; удалось повысить периодичность издания «Московского церковного вестника». Улучшилась структура церковных календарей: появился более развёрнутый и удобный указатель имён святых, в календарь стали включаться сведения о епископате и др. С 1998 г. было возобновлено издание «Богослужебных указаний». Главным направлением работы Издательства Московской Патриархии оставался выпуск богослужебных книг – репринтное воспроизводство старых изданий, публикация новых изданий богослужебных текстов с использованием современных книгоиздательских технологий. Только за 1997–1999 гг. Издательство Московской Патриархии выпустило больше 170 наименований книг тиражом около 3 млн. экз. (наибольшими тиражами выпускался «Православный церковный календарь», остальные издания имели средний тираж по 5–10 тыс. экз.). В 1997 г. в Издательстве Московской Патриархии был воссоздан на новом техническом уровне отдел звукозаписи, который начал выпускать компакт-диски с записями богослужений в храмах Московского Кремля, в храме Христа Спасителя, церковных, монастырских и епархиальных хоров РПЦ. Освоение новых информационных технологий привело к созданию сайта Издательства Московской Патриархии в Интернете, благодаря чему для верующих, в том числе для русскоязычного зарубежного населения, открылся новый канал доступа к православной литературе.