Иннокентий был членом поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. 12 ноября 1917 г. на состоявшихся в Витебской и Полоцкой епархии выборах избран правящим архиереем, но к управлению епархией не приступил. 14 июня 1918 г. на новых выборах во второй раз избран правящим епископом Полоцким и Витебским. Управлял епархией с сентября 1918 г. В 1920 г. возведён в сан архиепископа. В июне 1922 г. арестован вместе с группой витебских священнослужителей по обвинению в сопротивлению декрету об изъятии церковных ценностей. В витебской тюрьме Иннокенти заболел паратифом, бредил, в бессознательном состоянии был отправлен в психиатрическую больницу (исследователи полагают, что врачи таким образом пытались спасти его от расстрела). После выздоровления Иннокентий был переведён в Тверь, затем освобождён. В марте 1923 г. по вызову на суд вернулся в Витебск, возглавил борьбу с обновленцами. В ноябре 1923 г. был вновь арестован и выслан из Витебска. По состоянию здоровья выехал в Кисловодск. Подписал как архиепископ Полоцкий и Витебский послание 25 архиереев от 2 апреля 1926 г. в поддержку Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) против организаторов григорианского раскола. Летом 1926 г. сложил с себя полномочия правящего архиерея Полоцкой и Витебской епархии. Был назначен епископом Ставропольским. В начале 1927 г. назначен епископом Астраханским. Не получил разрешение от властей на выезд в Астрахань, оставался в Ставрополе. В конце 1927 г. тяжело заболел, по ходатайству митрополита Сергия отправлен для лечения в Москву. После выписки из клиники первого мединститута в день Святой Троицы его соборовали семь архиереев. На следующий день (в праздник Святого Духа) Иннокентий скончался. Чин отпевания возглавил митрополит Сергий. Похоронен на Даниловском кладбище близ Свято-Духова храма, могила сохранилась и почитается верующими.