По свидетельству Иоанна Пекама, некий доминиканец открыто выступал против него во время проповеди в Кембридже. Доминиканское сопротивление Иоанну Пекаму возглавляли Напуэлл и Вильгельм из Хотема (ум. в 1298 г.), который в то время был главой английской провинции доминиканцев. Твёрдость доминиканской оппозиции вынудила Иоанна Пекама принять жёсткие меры: по его инициативе оксфордские теологи рассмотрели учение Напуэлла о единстве формы и обнаружили в нём 11 сомнительных положений, близких к ереси. Иоанн Пекам повелел Напуэллу предстать перед ним и церковным Собором на Пасху 1286 г., однако тот проигнорировал приглашение, а явившийся вместо него Вильгельм заявил о том, что доминиканцы подлежат юрисдикции папы, а не архиепископа. 30 апреля 1286 г. на заседании в церкви Девы Марии в Лондоне в присутствии участвовавших в Соборе трёх епископов, канцлера Оксфордского университета и других представителей церковной администрации Иоанн Пекам осудил как еретические восемь положений, связанных с учением о единстве формы. Имя Напуэлла в документе не упоминается, однако исследователи не сомненваются, что осуждение было направлено в том числе и против него лично. Вместе с тем современные исследователи высказывают сомнения, что Напуэлл действительно отстаивал еретические тезисы, по крайней мере, в тех формулировках, в которых они были осуждены Иоанном Пекамом. После осуждения Напуэлл отправился в Рим, чтобы лично защищать себя перед папой. Однако в Риме обстоятельства сложились не в его пользу: преемник Мартина IV папа Гонорий IV (1285–1287 гг.) скончался 3 апреля 1287 г. На папский престол с именем Николай IV (1288–1292 гг.) был избран Джироламо Маши д'Асколи, занимавший до этого пост генерального министра францисканского Ордена. Лично знавший Иоанна Пекама папа Николай IV в 1288 г. решил дело в его пользу и приказал Напуэллу никогда больше не выступать в защиту учения о единстве формы. Однако тактическая победа Иоанна Пекама не означала стратегической: несмотря на запреты, томистское учение о единстве формы продолжало существовать в Оксфорде, где его отстаивали Роберт из Орфорда, Фома из Саттона, Вильгельм из Макклсфилда и другие теологи. На пасхальном заседании Парламента в 1285 г., первом после возвращения короля Эдуарда I из Уэльса, вновь был поднят вопрос о разделении судебной юрисдикции между церковью и государством. Со стороны церкви было подано 17 жалоб на нарушение её юридических прав, однако никакого решения по ним принято не было. Более того, желая укрепить свою судебную власть, король Эдуард 1 июля 1285 г. издал эдикт, запрещавший клирикам Нориджа рассматривать ряд судебных дел, связанных с церковным правом, и предписывавший передавать их на рассмотрение в королевские суды. Это решение короля стало поводом для многочисленных жалоб епископа города Норидж, поддержанных его собратьями, в том числе и Иоанном Пекамом. В результате обсуждения этих и других жалоб на вмешательство королевских чиновников в церковные дела, летом 1286 г. король Эдуард I, находившийся в то время в Париже, издал особый указ «Circumspecte agatis» («Действуйте осмотрительно»), направленный королевским судьям Нориджа.