В монастыре стараниями Иосифа возобновилось почитание чудотворной иконы Божьей Матери «Неупиваемая Чаша». В 1996 г. Иосиф был удостоен права совершения Божественной литургии с отверстыми царскими вратами. 28 декабря 1998 г. определён епископом Угличским, викарием Ярославской епархии. Хиротонию, состоявшуюся 31 января 1999 г. в московском соборе Богоявления в Елохове, возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Пребывая в Ярославле, Иосиф особо проявил себя в трудах по возрождению и благоустройству старинных храмов. Входил в состав областной комиссии по передаче религиозным организациям соответствующего имущества. 7 октября 2002 г. назначен епископом новообразованной Биробиджанской и Кульдурской епархии. За годы архиерейского служения Иосифа в епархии значительно выросло число приходов. В 2003 г. в городе Биробиджане был заложен и в 2005 г. освящён первый в регионе каменный храм – кафедральный собор в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. В 2006 г. завершилось строительство епархиального социально-просветительского центра. 21 августа следующего года был открыт женский монастырь Московского святителя Иннокентия в селе Раздольном Биробиджанского района Еврейской автономной области. С 2004 г. в епархии ежемесячно издаётся газета «Благовест», при епархиальном управлении действуют двухгодичные пастырские курсы по подготовке священно- и церковнослужителей, псаломщиков и катехизаторов. Иосиф награждён церковными орденами: Сергия Радонежского второй степени (1995 г.) и святителя Иннокентия Московского второй степени (2005 г.), государственным орденом «За заслуги перед Отечеством» второй степени (2005 г.), государственным орденом Дружбы (2009 г.), золотой медалью Российского фонда мира (2002 г.). Решением Священного Синода от 7 октября 2002 г. Иосиф назначен на новообразованную Биробиджанскую кафедру. 3 февраля 2013 г. возведён в сан архиепископа. Решением Священного Синода от 5 мая 2015 г. назначен Преосвященным Курганским и Белозерским, главой Курганской митрополии. 24 мая 2015 г. за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя города Москвы Московским патриархом Кириллом (Гундяевым) Иосиф возведён в сан митрополита.