Во время революции 1905–1907 гг. стал одним из организаторов в Нижнем Новгороде правомонархистского союза «Белое знамя». 10 ноября 1906 г. назначен епископом Михайловским, викарием Рязанской епархии. Был настоятелем рязанского во имя Святой Троицы мужского монастыря, с 21 мая 1907 г. – рязанского в честь Преображения Господня мужского монастыря. С 1908 г. являлся председателем Рязанского епархиального миссионерского совета. 26 мая 1911 г. согласно прошению уволен на покой и определён на жительство в Спасо-Преображенский Валаамский мужской монастырь. 19 октября того же года местопребыванием Исидора назначен омский Покровский монастырь. 9 декабря 1911 г. стал управляющим Покровским монастырём. В июне 1913 г. освобождён от управления монастырём с назначением местопребывания в Александро-Невском Филейском монастыре Вятской епархии. В декабре того же года перемещён на жительство в Трифоновский Успенский монастырь той же епархии. В 1916 г. в связи с обвинением в недостойном духовного сана поведении по указу Синода был лишён права ношения архиерейской мантии и панагии и с запрещением священнослужения направлен в Спасо-Каменный в честь Преображения Господня мужской монастырь Вологодской епархии. Исидор обратился в Синод с прошением о назначении нового следствия, поскольку обвинение, по его словам, было основано на ложном доносе. Благодаря заступничеству Петроградского митрополита Питирима (Окнова) дело было пересмотрено. Исидору разрешили совершение священнослужения и возвратили право ношения архиерейской мантии и панагии. Вскоре он стал управляющим тюменским во имя Святой Троицы мужским монастырём с правами настоятеля. В Тюмени Исидор познакомился и сблизился с Григорием Ефимовичем Распутиным. Был возвращён в Петроград, представлен императрице Александре Фёдоровне. Рассматривался вопрос о назначении Исидора на одну из викарных кафедр Новгородской епархии. 21 декабря 1916 г., после убийства Г.Е. Распутина, по просьбе Александры Фёдоровны совершил его отпевание. 8 марта 1917 г., после Февральской революции, освобождён от управления тюменским Троицким монастырём и включён в число братиисвияжского в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря. С июня 1917 г. проживал в городе Вятке, где стал организатором помощи беспризорным детям, бедным и слепым. 6 августа 1918 г. был арестован и помещён в тюрьму Вятки. Обратился вместе с арестованным с ним по одному делу иеромонахом Флавианом в Уральскую ЧК с письмом, в котором писал: «Мы вполне и безусловно подчиняемся существующей в России власти и принимаем к немедленному исполнению её декреты и распоряжения. Наш арест – недоразумение, и мы просим освободить нас и возвратить к посильному труду на пользу народа». Об освобождении епископа ходатайствовало Вятское общество попечения о слепых. 19 августа Уральская ЧК приговорила Исидора как «монархиста и контрреволюционера» к расстрелу в числе 16 проходивших по делу вятских священнослужителей и мирян. Был казнён, погребён в безвестной могиле.