К 1860 гг. золотых и серебряных предметов утвари насчитывалось 215. Ризница «из 10 перемен» на 90 тыс. руб. была оплачена из средств императорского кабинета. Освещался храм семью люстрами из позолоченной бронзы. Освящение Исаакиевского собора, имевшее значение общероссийского торжества, совершил 30 мая 1858 г. митрополит Григорий (Постников) в присутствии императора Александра II, императорского двора и духовенства всех церквей Санкт-Петербурга, которое участвовало в крестном ходе от Исаакиевского собора к Казанскому собору и обратно. Вокруг были выстроены войска в полной парадной форме. Хор состоял из 1200 певчих. Церемония началась в 9 часов утра, а окончилась около 16 часов. Приделы великомученицы Екатерины и князя Александра Невского были освящены 1 и 8 июня. Исаакиевский собор стал кафедральным храмом Санкт-Петербургской епархии и «первенствующим в империи». После ликвидации Комиссии по построению собора в 1864 г. он перешёл в ведение Главного управления путей сообщения и публичных зданий, в 1871–1910 гг. находился в ведении Министерства внутренних дел. При соборе были учреждены должности архитектора, инспектора и организовано «техническо-художественное совещание» из трёх профессоров Академии Художеств. Под руководством академика Евгения Александровича Сабанеева в 1873 г. началась комплексная реставрация храма; к 1887 г. художник Николай Андреевич Кошелев восстановил живопись в алтарной части. В 1903 г. храм первым в столице был электрифицирован. На площади к югу от собора в 1860 г. под руководством чертёжника С. Яковлева был разбит сквер (1883 кв. сажён), как и площадь, получивший название Исаакиевский. Он был перепланирован в 1865 г. «художником архитектуры по садовой части» Е. Одинцовым и полностью реконструирован садовником Рудольфом Францевичем Катцером в 1911–1913 гг. В день освящения Синод пожертвовал Исаакиевскому собору крест с частью Креста Господня и частью мощей апостола Андрея Первозванного в бронзовом позолоченном ковчеге. Митрополит Григорий (Постников) даровал в день освящения панагию с частицами мощей. 5 марта 1859 г. в Исаакиевский собор по распоряжению митрополита Григория был перенесён чудотворный список Тихвинской иконы Божьей Матери. Через год на приношения верующих для иконы создали золотую ризу с бриллиантами и драгоценными камнями весом более 12 кг. Описаны случаи исцелений у иконы (в мае 2002 г. она возвращена на прежнее место в юго-восточной части храма). В той же части собора находились утраченные в советское время Нерукотворный образ Спасителя в богатой серебряной ризе, украшенной бриллиантами, пожертвованный в память спасения царской семьи при крушении в Борках 17 октября 1888 г.; икона великомученика Пантелеимона с частицей его мощей в серебряно-позолоченной ризе – дар Исаакиевскому собору в 1871 г. от афонского Пантелеимоновского монастыря.