Они передали Исааку Комнину, что Михаил VI готов усыновить его, сделать кесарем и утвердить все совершённые им назначения. Исаак Комнин согласился сложить оружие при условии, что протосинкелл Лев Параспондил будет отстранён от власти, и император клятвенно подтвердит, что не будет преследовать сторонников Исаака Комнина и не передаст власть никому, кроме него. Когда послы вернулись в Константинополь, Михаил VI письменно согласился с этим условием и в секретном пункте соглашения пообещал в ближайшее время объявить Исаака Комнина соправителем. Однако это обещание не удалось сохранить в тайне, и весть о нём взволновала жителей Константинополя, т.к. незадолго до этого император потребовал от них клятвы, что они никогда не признают Исаака Комнина своим императором. Толпа во главе с патрикиями Феодором Хрисилием и Христофором Пирром собралась у собора Святой Софии и, взяв в заложники племянников патриарха Михаила I Кирулария (1043–1058 гг.), вынудила его освободить их от клятвы Михаилу VI. После этого патриарх, перешедший на сторону восставших, отправил к Михаилу VI митрополитов с предложением покинуть покои Большого дворца, отказаться ради собственной безопасности от власти и принять постриг. Михаил VI уступил требованию патриарха и отрёкся от престола. Согласно Михаилу Псёллу, известие о перевороте прервало очередной этап переговоров, в ходе которых Исаак Комнин был готов пойти на мирное урегулирование конфликта. Узнав об отречении Михаила VI, Исаак Комнин назначил одного из заговорщиков, магистра Катакалона Кекавмена, куропалатом и отправил в столицу, чтобы тот подготовил торжественный въезд. 3 сентября 1057 г. Исаак Комнин вступил в Константинополь и на следующий день был коронован. Затем он наградил своих солдат и распустил их по домам, чтобы обезопасить гражданское население столицы. Исаак I Комнин сразу же приступил к решению внутриполитических вопросов. Ко времени кончины Василия II в византийской казне было накоплено значительное количество золота. Преемники Василия II активно использовали эти резервы для щедрых денежных раздач, которые помогали поддерживать их популярность у населения. При этом другие статьи расходов, в том числе на войско и флот, сокращались, что привело к нарастанию недовольства военного сословия. Одним из результатов такой политики стала широкая поддержка Исаака I Комнина как лидера так называемой военной партии. Среди важнейших задач внутренней политики Исаака I Комнина было восстановление растраченных резервов. С этой целью он отменил большую часть пожалований времён Михаила VI и возвратил в казну дарения других императоров. Исаак I Комнин существенно сократил оклады гражданских чиновников, военных-землевладельцев (бывших сторонников Исаака Комнина) и ограничил доходы церкви.