Во время Первой мировой войны число военных старообрядческих священников увеличилось; Иоанну приходилось решать возникающие в этой связи административные вопросы – от определения статуса старообрядческих священников до разрешения противоречий между требованиями церковного устава и обстоятельствами военного времени. В архиве канцелярии Московской архиепископии (Российский государственный архив древних актов) сохранилась обширная переписка старообрядческих военных священников с Москвой; письма адресовались, в основном, на имя Иоанна и его секретаря епископа Александра (Богатенко). В храмах Рогожского кладбища и на площади перед ними проходили молебны «о победе на враги» и устраивались крестные ходы. Первый крестный ход во главе с Иоанном состоялся уже 24 июля 1914 г. При МСОРК был устроен лазарет для больных и раненых русских воинов (открыт 14 августа 1914 г.). По подписным листам за подписью и печатью Иоанна собирались средства на оборудование лазарета и его содержание. 12 декабря 1914 г. депутация совета МСОРК представила императору Николаю II доклад, в котором говорилось: «По почину своего маститого архипастыря архиепископа Иоанна, уступившего собственную квартиру для нужд лазарета, прихожане храмов общины горячо откликнулись на это святое дело щедрыми пожертвованиями, выразившимися по сие число в сумме 52 031 руб. 49 коп., что и дало возможность открыть лазарет на 80 кроватей» (Российская государственная библиотека). С 26 августа 1914 г. по 1 января 1915 г. лазарет принял 279 раненых, в среднем ежедневно в нём находилось 69 человек. За 16 лет епископского служения Иоанн освятил больше сотни старообрядческих храмов, участвовал в рукоположении 15 епископов, рукоположил 92 священника и восемь диаконов, возвёл в сан Белокриницкого митрополита Макария (Лобова). При Иоанне были открыты епархии Белокриницкой иерархии: Ярославская, Томская, Петроградская, Киевская, Рязанская и Иркутская. Близ хутора Калач области Войска Донского с благословения Освященного собора 1906 г. Иоанн основал мужской монастырь, в котором в 1917 г. находилось больше сорока иноков. Велика заслуга Иоанна в примирении с неокружниками (см. в ст. «Окружное послание»). При его активном участии в 1906 г. прошёл примирительный Собор. Иоанн считался одним из наиболее уважаемых и независимых в своих действиях старообрядческих иерархов. Иоанн погребён на Рогожском кладбище на «Архиерейских могилах». Его похороны описаны в рассказе Ивана Алексеевича Бунина «Чистый понедельник». Согласно духовному завещанию, составленному Иоанном 19 января 1914 г., принадлежавшие ему «богослужебные, церковные и гражданские книги, иконы, церковные облачения и походные церкви», а также все личные вещи переданы «в полную и единственную собственность» МСОРК (Отдел письменных источников Исторического музея). Сохранился портрет Иоанна работы художника Николая Ивановича Струнникова (ранее находился в помещении гостиницы на Рогожском кладбище, где проходили заседания совета МСОРК).