Во время эпидемии холеры в Санкт-Петербурге (1831 г.) Иона ухаживал за больными и причащал их; из его рук получила последнее причастие супруга царевича Баграта (сына Ираклия II) Екатерина. Иона не прерывал связей с родиной и с родственниками, которые остались в Грузии, помогал представителям грузинской колонии в Санкт-Петербурге, особенно студентам. Так, при его содействии в Санкт-Петербургский государственный университет был принят Соломон Додашвили, впоследствии ставший философом. Иона активно занимался культурно-просветительской деятельностью, ему принадлежит свыше сорока духовных сочинений и проповеди (хранятся в Национальном центре рукописей Грузии (см. Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе), в Кутаисском государственном историко-этнографическом музее и в Российской национальной библиотеке). В 1832 г. Иона создал автобиографическое сочинение «Ронини» («Хождение»), в котором рассказал о своей жизни на фоне политических событий первой половины XIX в. Философско-богословское сочинение «Книга тридцати четырёх вопросов» (другие названия: «Книга с тридцатью четырьмя вопросами», «Книга о тридцати четырех вопросах»; издано в 1967 г.) Иона написал в жанре вопросов и ответов. В 2000 г. был издан эпистолярный архив Ионы (1809–1835 гг.), в том числе письма грузинским царевичам, а также сосланному в Свирский монастырь митрополиту Гелатскому Евфимию (Шервашидзе). Под влиянием русской богословской мысли Иона создал «Трёхчастное богословие» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). Сочинение делится на три части: физическое богословие, богословие «Откровения» и этика. В 1832 г. Иона завершил работу над «Обширным грузинским словарём», который содержит около 3 тыс. слов (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). Иона переслал его Додашвили в Тифлис, однако издание так и не было осуществлено. «Проповеди» Ионы признаны образцом грузинского ораторского искусства. Кроме общеправославных тем значительное место в них отведено вопросам самосознания грузинской нации, грузинским религиозным и национальным праздникам, дням памяти грузинских святых. Потерю грузинами своей государственности Иона называет проявлением Божьего гнева и проповедует грузинской пастве терпение, призывает возвращаться к православию. Деятельность Ионы была высоко оценена его современниками: ему посвятили стихотворные произведения и оды царевичи Теймураз, Мириан (сын царя Ираклия II), Иоанн Батонишвили (сын царя Георгия XII), грузинские писатели П. Ларидзе и С. Размадзе. Также Иоанн Батонишвили в сочинении «Калмасоба» вывел Иону в образе главного героя – иподиакона Ионы Хелашвили, который вместе с другом, горийцем Зурабом Гамбарашвили, объезжает Восточную и Западную Грузию с целью «калмасобы» (сбора средств) для монастыря и встречает представителей различных социальных слоёв Грузии. Иона похоронен в пантеоне Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге.