11 октября 1996 г. назначен епископом Читинским и Забайкальским с освобождением от прежних должностей. С 28 декабря 1996 г. по 25 декабря 1997 г. Иннокентий временно окормлял Троицкий приход города Улан-Батора (Монголия). 4 июня 1999 г. патриарх Алексий II поручил Иннокентию осуществлять архипастырское попечение о приходах Японской православной автономной церкви, совершать в них богослужения. 6 октября 1999 г. Иннокентий был назначен епископом Корсунским с кафедрой в Париже. С 28 декабря 1999 г. окормлял приход мученика Маврикия города Пайерн (Швейцария) с приписным храмом Святой Троицы в деревне Домпьер. 25 февраля 2002 г. возведён в сан архиепископа. Награждён орденами Сергия Радонежского второй степени (26 января 2002 г.), Иннокентия Московского второй степени (2006 г.), государственным орденом Дружбы народов (2001 г.). 9 мая 2006 г. постановлением патриарха Алексия II, 7 июня определением Священного Синода Иннокентий был назначен временно управляющим Сурожской епархией и председателем комиссии по расследованию ситуации в епархии (в связи с переходом епископа Василия (Осборна) в юрисдикцию Константинопольского патриархата). 3 марта 2007 г. Иннокентий возглавил Ассамблею Сурожской епархии в Успенском кафедральном соборе в Лондоне. 1 и 2 ноября 2007 г. был председателем первого Съезда Корсунской епархии в Париже, на котором присутствовали делегаты от 76 приходов Московской патриархии Франции, Италии, Испании, Португалии и Швейцарии. Съезд избрал членов Епархиального Совета согласно Уставу РПЦ. 27 декабря 2007 г. Иннокентий был освобождён от временного управления Сурожской епархией с выражением благодарности за труды и достигнутое умиротворение в жизни епархии. 15 апреля 2008 г. назначен канцлером православной духовной семинарии в Париже. Был членом президиума счётной комиссии на поместном Соборе РПЦ 2009 г. 10 февраля 2009 г. принял участие в рабочем заседании Ассамблеи православных епископов Франции. В настоящее время в епархии ведётся работа по подготовке строительства нового русского храма в Париже. Решением Священного Синода от 24 декабря 2010 г. Иннокентий назначен архиепископом Виленским и Литовским. Решением Священного Синода от 7 июня 2012 г. утверждён в должности настоятеля (священноархимандрита) Свято-Духова мужского монастыря города Вильнюса.