В 1710 г. епископ Варлаам уехал в Москву и увёз с собой архиерейскую ризницу (Тобольскому митрополиту Антонию (Стаховскому) со временем удалось её вернуть). Епископ Варлаам (Коссовский) жил в Москве, имел титул Иркутского архиерея, 21 января 1714 г. был назначен на Тверскую кафедру. В 1719–1727 гг. Иркутским и Нерчинским викариатством управлял архимандрит Антоний (Платковский), настоятель иркутского в честь Вознесения Господня монастыря. В 1725 г. при Вознесенском монастыре стараниями архимандрита Антония была открыта первая в Восточной Сибири школа для обучения детей духовенства и сирот монгольскому и китайскому языкам; сначала она существовала как школа переводчиков и называлась «мунгальской». В марте 1719 г. Филофей первым из Тобольских архиереев посетил по пути в Селенгинск Иркутск, где освятил деревянную Крестовоздвиженскую церковь. 1 марта 1721 г. Синод представил царю Петру I проект создания самостоятельной Иркутской и Нерчинской епархии, но проект не был утверждён. 8 сентября 1721 г. викарным епископом Иркутским и Нерчинским был назначен бывший Крутицкий митрополит Игнатий (Смола), который отказался ехать в Сибирь и был определён на покой в Нилову Столобенскую в честь Богоявления пустынь. В марте 1722 г. Иркутск посетила направлявшаяся из Санкт-Петербурга в селенгинский Троицкий монастырь и оттуда в Китай духовная миссия во главе с Переяславским епископом Иннокентием (Кульчицким). В ходе так называемого часовенного разбора, начатого по указу Синода в 1722 г., только в Прибайкалье (Иркутской провинции, образованной в 1719 г., фактически существовавшей с 1721 г.) к 1726 г. было закрыто сорок часовен. 15 января 1727 г. указом Синода, утверждённым императрицей Екатериной I, Иркутское и Нерчинское викариатство было преобразовано в Иркутскую и Нерчинскую самостоятельную епархию (см. Иркутская и Ангарская епархия). К этому времени церковные структуры края были достаточно развиты. В 1726 г. в Иркутске действовали восемь храмов и два монастыря, в Иркутском уезде – 13 церквей, монастырь и пустынь, в Селенгинском дистрикте – 13 церквей и два монастыря, в Нерчинском дистрикте – семь храмов и монастырь. Клир Иркутского и Нерчинского викариатства состоял из 199 священно- и церковнослужителей (Российский государственный исторический архив).