Эти меры фактически подготовили принятие автокефалии Эфиопской церкви (1959 г.) и обеспечили Иосифу II поддержку эфиопского духовенства и мирян. Во время его патриаршества Коптская церковь пережила один из самых серьёзных кризисов. Во многом этому способствовал консервативный характер Иосифа II. Наиболее образованная и активная часть паствы критически относилась к деятельности патриарха, тем более что его секретарь, малограмотный феллах Камиль Гиргис, известный под именем Малик, ведал всеми делами патриархии и открыто торговал высшими церковными должностями. Достигшие неслыханных масштабов симонию и коррупцию в среде коптского клира, нежелание патриарха проводить реформы резко критиковала коптская пресса. 24 июля 1954 г. члены запрещённой военизированной организации «Объединение коптской нации» (ОКН) во главе с Ибрахимом Фахми Хилялем похитили патриарха. Заставив Иосифа II подписать отречение от патриаршего престола и обращение к Синоду о проведении церковной реформы, они отправили его в монастырь св. Георгия в Старом Каире. Похитители были сразу же арестованы; Иосиф II вернулся в патриаршую резиденцию. Синод Коптской церкви, большая часть членов которого получила свои посты при посредничестве Малика Гиргиса, выступил в поддержку патриарха, однако под давлением обвинений в симонии был вынужден изменить позицию. 20 сентября 1955 г. член ОКН Абд аль-Масих-паша совершил покушение на Иосифа II. В этот же день беспрецедентным совместным решением Синода Коптской церкви и Совета общины Иосиф II был лишён патриаршей кафедры и отправлен в ссылку в монастырь Пресвятой Богородицы Дейр-эль-Мухаррак в Верхнем Египте. Это решение было подтверждено декретом премьер-министра Египта Гамаля Абделя Насера от 21 сентября 1955 г.; другой пункт декрета запрещал деятельность коптских церковных судов. Управление делами церкви было поручено совету из трёх епископов. 3 октября 1955 г. Синод Эфиопской церкви объявил, что не признаёт вынужденного отречения Иосифа II и продолжает считать его законным патриархом. С санкции императора Хайле Селассие I, друга Иосифа II, эфиопские церковнослужители и дипломаты развернули в Египте кампанию в поддержку сосланного патриарха. 19–20 июня 1956 г. совместная делегация из 13 коптских и семи эфиопских архиереев посетила монастырь Дейр-эль-Мухаррак и предложила Иосифу II вернуться на кафедру при условии, что Малик Гиргис будет смещён с поста секретаря. Полномочия делегации не были признаны большинством членов Синода Коптской церкви и Совета общины, которые выступили против возвращения патриарха из ссылки. 21 июня 1956 г. Иосиф II покинул монастырь и вернулся в Каир, однако египетское правительство отдало приказ не пускать его в патриаршую резиденцию. Иосиф II был помещён в Коптском госпитале, где и скончался.