Иона изображён в седьмом ряду крайним слева, вполоборота, рядом с Трифоном Печенгским, облачён в монашеские одежды, голова не покрыта. Он средних лет, с крупными правильными чертами лица, длинные, немного волнистые волосы разделены на прямой пробор, борода средней величины, почти без проседи, взор устремлён вверх, к образу Святой Троицы. Две идентичные по иконографии и стилистике иконы-пядницы этого извода созданы в том же году в иконописной мастерской Валаамского монастыря (подписаны как «труд валаамских иноков», хранятся в Музее православной церкви в Куопио и в Преображенском соборе Нововалаамского монастыря, Финляндия). На них Иона написан вторым слева в шестом ряду, прямолично, в коричневой мантии, старцем с залысиной и окладистой седой бородой. Ростовой образ Ионы помещён на иконе «Карельские чудотворцы» конца XIX – начала XX вв. (церковь великомученицы Екатерины в Петрозаводске). На ней Иона – крайний слева в первом ряду (рядом с Ионой Клименецким), в охристой рясе, тёмной мантии и синей схиме, с благословляющей десницей, в левой руке – свиток, голова покрыта куколем. У него аскетическое лицо с впалыми щеками и длинная, немного вьющаяся седая борода. В иконописи XX в. образ Ионы (в группе Олонецких чудотворцев, без куколя) был введён в композицию «Все святые, в земле Русской просиявшие» на иконах письма монахини Иулиании (Соколовой) 1934 г., 1950 гг. (Троице-Сергиева лавра) и на их повторениях конца XX – начала XXI вв. Святой представлен с непокрытой головой и с развёрнутым свитком в руках под 22 сентября на одном из подготовительных рисунков монахини Иулиании к лицевым святцам русских святых (1959–1962 гг., частное собрание). В современных произведениях иконописи Иона изображается в схиме, как в куколе, так и с непокрытой головой, с благословляющей десницей и с игуменским жезлом в левой руке, иногда с посохом, Евангелием и чётками в руках (чтимый образ, написанный в 2004 г., находится в церкви во имя Ионы в посёлке Кварцитном). Существуют ростовые и поясные образы, извод с фигурой преподобного в коленопреклонённом молении перед образом Богоматери с Младенцем (2008 г., храм в посёлке Кварцитном). Одна из первых икон написана по фотографии утраченного образа в 2001 г. на средства Спасо-Рождественского прихода села Шелтозера на подворье Валаамского монастыря в Санкт-Петербурге. Иконы Ионы находятся в Ионо-Яшезерском Благовещенском монастыре и на его подворье в церкви Рождества Христова в селе Шелтозере, в домовой церкви во имя Ионы в Шокше. На иконе «Собор Карельских святых» конца XX – начала XXI вв. (собор князя Александра Невского в Петрозаводске) Иона представлен во втором ряду крайним справа, в округлом куколе, со свитком в левой руке (надпись: «Св. Иона Яшезерский»). Создана житийная иконография преподобного: иконы начала XXI в. (подворье Ионо-Яшезерского монастыря в селе Шелтозере) и 2008 г. (Ионо-Яшезерский монастырь). Разработка житийных клейм на иконе начала XXI в. принадлежит наместнику Ионо-Яшезерского монастыря игумену Досифею (Ларионову). В состав клейм вошли следующие сюжеты: Иона приходит в Свирский монастырь к Александру Свирскому; Александр Свирский совершает постриг Ионы; Александр Свирский благословляет Иону на пустынничество; Иона поселяется на Яшезере и ставит крест на месте будущей пустыни; к Ионе приходят первые насельники; Иона с братией строят церковь Благовещения Пресвятой Богородицы; Иона ископал канал и соединил озера Яшезеро и Сенное; Господь возвещает Ионе о скорой кончине; Иона удаляется в пещеру; преставление Иионы; братия переносит тело Ионы в обитель; погребение Ионы. На некоторых современных иконах Иона изображён вместе с другими Карельскими чудотворцами, в частности, с Александром Свирским, под образом Святой Троицы.