К Житию присоединено описание трёх чудес (первое – 1572 г.), в некоторых списках добавлено видение, относящееся также к 1572 г., о котором рассказал автору инок владимирского Рождество-Богородицкого монастыря Антоний. Редакция Ионы сохранилась в значительном количестве списков, в том числе в составе «Книги степенной царского родословия» (Российский государственный архив древних актов, 1594 г.). Как показал Алексей Владимирович Сиренов, около 1589 г. в связи с учреждением в России патриаршества Иона составил особую редакцию «Степенной книги». Работу над её текстом он продолжил позднее. Редакция Ионы дошла в значительном количестве списков; возможно, целью автора было создание образцового текста. Иона является составителем нового собрания сочинений Максима Грека, старший список этого собрания дошёл в двух рукописях конца XVI в.: Российская государственная библиотека и Исторический музей (более поздние списки: Российская государственная библиотека, конец XVI – начало XVII вв.; Исторический музей, начало XVII в.; Российская государственная библиотека, третья четверть XVIII в.). Собрание состоит из 82 глав, в него впервые включены послания Максима Грека Фёдору Карпову и Николаю Немчину против католицизма и астрологии. Кроме того, список собрания трудов преподобного Максима, составленного митрополитом Иоасафом, содержит вкладную запись Ионы в Рождество-Богородицкий монастырь от 5 ноября 1600 г. (Исторический музей). По мнению Николая Николаевича Покровского, Ионе принадлежал Сибирский сборник, содержащий наиболее полный свод материалов судебного процесса над преподобным Максимом. Исследователям известны 22 рукописи, написанные по заказу Ионы. Все рукописи – четьи книги. Как сообщается в пространных вкладных записях, кодексы писались не с одного списка, но с разных «добрых переводов». Большая часть книг (в том числе «Степенная книга» и собрание сочинений преподобного Максима) была пожертвована Ионой Рождество-Богородицкому монастырю. По мнению Андрея Александровича Титова, Иона скончался 7 марта 1608 г., но для исследователей остаётся неясным, на основании каких документов приведена эта дата. Он был похоронен в Успенском соборе Ростова Великого у южной стены, третье захоронение от западного угла. Имя Ионы внесено в «Список угодников Божьих... подвизавшихся в Ярославской епархии...» (1887 г.), где он назван прозорливым, память указана под 16 марта и 22 сентября.