Выражая сочувствие «новому направлению жизни», публично осудил деятельность протоиерея Иоанна Восторгова. Иоасаф порицал приходское духовенство за безучастность во время «праздника трудящихся» 1 мая, когда в Москве торжественные богослужения состоялись только в храме Христа Спасителя (по личному распоряжению управляющего епархией) и нескольких других церквах. Иоасаф заявил: «Примем на будущее время за правило быть всегда с народом и в радостях и в печалях, в соответствии с этим будем служить торжественные литургии и молебствия... во дни народных праздников, имеющих быть в будущем». 5 мая Иоасаф не утвердил постановление епархиального съезда духовенства об упразднении института благочинных, 15 мая принял участие в открытии первого монашеского съезда Московской епархии, 31 мая предложил провести молебен об умирении христиан. После избрания 21 июня 1917 г. на Московскую кафедру Литовского и Виленского архиепископа Тихона (Белавина; с ноября 1917 г. – Патриарх Московский и всея России) Иоасаф стал его викарием и ближайшим помощником в управлении Московской епархией. Участвовал в работе поместного Собора Православной Российской церкви 1917–1918 гг. 13 ноября 1917 г. вместе с Волынским архиепископом Евлогием (Георгиевским; впоследствии митрополит) и Кишинёвским архиепископом Анастасием (Грибановским; впоследствии митрополит) совершил церковное погребение студентов и юнкеров, жертв боёв с большевиками. Отдавал должностные распоряжения по интронизации патриарха Тихона, 23 ноября участвовал в первом патриаршем богослужении в храме Христа Спасителя. Указом патриарха Тихона и Священного Синода от 16 января 1918 г. назначен архиепископом Коломенским и Можайским, патриаршим наместником, управляющим Патриаршей областью. Выступал на поместном Соборе при обсуждении основных положений об устроении миссии (возражения Иоасафа против окружных миссий были поддержаны Собором) и об устройстве Варшавской епархии. Поднимал на Соборе вопрос о бедственном положении храма Христа Спасителя, входил в образованную в июле 1918 г. по решению Собора комиссию «по организации изнесения кремлёвских святынь». С 11 октября 1919 г. – архиепископ Крутицкий. В конце того же года арестован ВЧК. Содержался в Лубянской тюрьме, в январе 1920 г. освобождён. Тюремное заключение подорвало здоровье Иоасафа, и вскоре он скончался. Чин отпевания возглавил патриарх Тихон. Иоасаф был похоронен в нижнем Казанском храме московского в честь Богоявления мужского монастыря.