17 июля 1995 г. определением Священного Синода в связи с преобразованием Белгородского викариатства Курской епархии в Белгородскую и Старооскольскую епархию назначен её правящим архиереем. В декабре 1995 г. создал Миссионерский православный благотворительный фонд РПЦ. 26 декабря 1995 г. решением Священного Синода назначен председателем новообразованного Миссионерского отдела РПЦ и освобождён от должности ректора Курской духовной семинарии. Осенью 1996 г. Иоанн был назначен ректором новооткрытой Белгородской духовной семинарии миссионерской направленности. С 1996 г. – главный редактор журнала «Миссионерское обозрение». В епархии под его руководством ведётся работа по восстановлению и строительству церквей, осуществляется духовное окормление детей и молодёжи, поддержка и социальная реабилитация заключённых, проходят ежегодные Иоасафовские чтения. 18 февраля 1999 г. возведён в сан архиепископа. Иоанн является действительным членом-академиком Петровской академии наук и искусств, Международной Кирилло-Мефодиевской академии славянского просвещения, а также почётным профессором Белгородского государственного университета. С декабря 2004 г. возглавляет комиссию по духовной безопасности при полномочном представителе Президента РФ по Центральному федеральному округу. Награждён орденами РПЦ св. князя Даниила Московского второй степени (2008 г.), Сергия Радонежского второй степени, Иннокентия, митрополита Московского и Коломенского; государственным орденом Дружбы, медалью «За заслуги перед землёй Белгородской» первой степени. Решением Священного Синода от 7 июня 2012 г. назначен главой новообразованной Белгородской митрополии. 18 июля 2012 г. возведён в сан митрополита. Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. утверждён в должности настоятеля (священноархимандрита) Свято-Троицкого Холковского мужского монастыря посёлка Чернянка Белгородской области. Временно управлял Валуйской епархией с июня 2012 г. по ноябрь 2015 г.