Трудами Иоанна в Ярославле было построено новое здание епархиального управления с крестовой церковью во имя новопрославленного Московского митрополита Иннокентия. За благоустроение храмов епархии удостоен в 1977 г. права ношения двух панагий. Награждался орденами князя Владимира второй степени, Сергия Радонежского второй и первой степени РПЦ, орденом св. апостолов Петра и Павла Антиохийского патриархата, орденом апостола Марка Александрийского патриархата, орденом святых Кирилла и Мефодия Православной церкви Чехии и Словакии; медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», бронзовой и серебряной медалями Советского Фонда мира. Совмещал служение с научной работой, автор очерка о князе Феодоре Чёрном и книги о святых Крыма, которую считал долгом памяти своему духовному учителю митрополиту Гурию (Егорову). В исследованиях «Библия и эволюция», «Время и его проблема в Библии: (Размышления православного архиерея)» Иоанн рассматривал взаимоотношения науки и религии, считал, что принципы эволюции мира не противоречат христианскому мировоззрению. В 1984 г. стал делегатом 27-го Международного геологического конгресса в Москве. Активно работал в секциях «Геохимия и космохимия» и «Палеонтология», где рассматривались вопросы ранней истории развития Земли и эволюции жизни. Увлекался акварельной живописью. 26 декабря 1984 г. уволен на покой. Жил в Ярославле. Отличался простотой и доступностью в общении, искренней добротой и подлинной интеллигентностью, был бескорыстен. Пользовался искренней любовью клира и прихожан, уважением местных советских властей. Имел на склоне лет благодатные дары старца – дар рассуждения и любви, дар утешения. Пока позволяло здоровье, в воскресные и праздничные дни совершал Божественную литургию в кафедральном соборе. Переводил богословские книги и занимался научными исследованиями. Перевёл с английского монографию П. Гарретта «Святой Иннокентий, апостол Америки», а также работы Игоря Корнильевича Смолича – изданные в ФРГ к 1000-летию Крещения Руси сочинение «Жизнь и учение старцев» и книгу «Русское монашество: Возникновение, развитие и сущность». В последний год жизни работал над сочинением «О совершенстве человеческой природы Господа нашего Иисуса Христа». Писал воспоминания о митрополите Гурии, о членах своей семьи. В день кончины причастился Святых Таин; пребывал в ясном сознании, беседовал с близкими, благословляя их. Отпевание Иоанна возглавил Ярославский архиепископ Платон (Удовенко). Погребение Иоанна состоялось 27 марта 1989 г. в соответствии с его завещанием по монашескому чину. Похоронен в церковной ограде близ стены Феодоровского кафедрального собора Ярославля.