В августе 1726 г., когда стал очевидным конфликт между халебскими христианами и Сильвестром, английский консул и Илия Фахр помогли патриарху избежать тюремного заключения и покинуть город. В 1728 г. Илия Фахр добился освобождения из тюрьмы арестованного по настоянию католиков Иакова Патмосского, возглавлявшего православное училище в Халебе. В 1730–1750 гг., когда Халеб стал главным центром противоборства православия и католичества в Сирии, Илия Фахр выступал как один из самых влиятельных покровителей православной общины. Так, после изгнания из города в начале 1750 гг. православного митрополита Софрония (впоследствии Константинопольский патриарх Софроний II) последние приверженцы православия собирались для богослужений только в доме Ильи Фахра, который в силу своего статуса английского драгомана был неприкосновенен для османских властей. Около 1757 г., после некоего служебного промаха, Илия Фахр был отстранён от работы в британском консульстве и отослан в Триполи, где вскоре скончался. Похоронен в монастыре Баламанд в Ливане. Илия Фахр – автор 11 антикатолических полемических трактатов на арабском языке (датированные исследователи относят к 1727–1752 гг.). Он писал обо всех спорных моментах в вероучении двух церквей: об исхождении Святого Духа, о понимании таинства евхаристии, об обстоятельствах фотианской схизмы и Флорентийской унии и др. Наряду с оригинальным творчеством Илия Фахр перевёл на арабский язык ряд греческих полемических трактатов о чистилище, примате Папского престола и других догматических расхождениях Восточной и Западной церквей. Европейские миссионеры и арабо-католические авторы, в свою очередь, ответили на произведения Ильи Фахра целым рядом опровержений. Илье Фахру принадлежат также переводы греческой церковно-канонической литературы. Исследователям известно несколько его рукописей-автографов, самая ранняя датирована декабрём 1696 г. Сочинения Ильи Фахра не изданы, их рукописи хранятся в различных собраниях Ближнего Востока, в Ватикане и Санкт-Петербурге.