Среди учеников Иакова Патмосского, число которых единовременно достигало ста человек, исследователям известны Филофей, будущий архиепископ Кипрский (1734–1759 гг.), Иоанникий будущий митрополит Бейрутский (1745–1774 гг.), и российский путешественник Василий Григорьевич Григорович-Барский, оставивший панегирическое описание личности Иакова Патмосского. За долгие годы пребывания на Ближнем Востоке Иаков Патмосский, как полагают исследователи, не овладел арабским языком: он рассматривал свою миссию как приобщение арабов к греческой культуре. Он работал в тесном контакте с Макарием Патмосским, который направлял в Сирию учебные пособия, тексты проповедей, посылал в помощь Иакову Патмосскому своих учеников. В письмах Макарий Патмосский постоянно поддерживал Иакова Патмосского, убеждая его не думать о возвращении на родину и нести крест своего служения. В конце зимы 1733 г. из-за эпидемии большинство учеников Иакова Патмосского покинули училище в Триполи. По приглашению патриарха Сильвестра в марте 1733 г. Иаков Патмосский с оставшимися учениками переселился в Дамаск. Он выступал с проповедями в кафедральном соборе, обличая латинское вероучение, однако его попытки остановить католический натиск ввиду разительного неравенства сил не увенчались успехом. Положение самого Сильвестра в Дамаске было шатким, значительная часть местных христиан симпатизировала унии. Вскоре патриарх направил Иакова Патмосского в проповедническую поездку по сирийским епархиям. В его отсутствие школа пришла в упадок, уровень образования резко снизился. После возвращения в Дамаск Иаков Патмосский, разочарованный безуспешностью проповеди, не возобновлял активной преподавательской деятельности. В 1735 г. он посетил св. места Палестины, где установил контакты с греческим духовенством Иерусалимского патриархата. В ноябре 1735 г. Иаков Патмосский навсегда покинул Сирию и уехал на Кипр в свите патриарха Сильвестра. Весной следующего года перебрался на Патмос. Однако вскоре его знания снова оказались востребованы на христианском Востоке. В кругах Святогробского братства созрела идея открытия в Палестине богословской школы.