У мощей происходили многочисленные случаи чудесной помощи и исцелений по заступничеству Иоанна Русского: парализованные начинали ходить, бесноватые успокаивались, слепые прозревали, больные исцелялись. Могила Иоанна Русского стала местом паломничества всей Каппадокии. В 1832 г., во время войны султана Махмуда II с египетским правителем Ибрагим-пашой, Прокопион был взят янычарами, которые разорили церковь великомученика Георгия, а мощи Иоанна Русского выбросили из раки и решили сжечь на костре. Когда они развели огонь, то увидели, что вынесенные во двор мощи чудесным образом вернулись в раку. Они взяли останки святого и бросили в костёр. В этот момент они увидели посреди огня живого Иоанна Русского, грозившего им. В ужасе янычары бежали, оставив награбленное. Возвратившиеся христиане нашли мощи Иоанна Русского целыми, но почерневшими от копоти. Через несколько лет жители Прокопиона выстроили большую церковь во имя Василия Великого. В 1845 г. они перенесли туда мощи Иоанна Русского, но они дважды исчезали из нового храма и оказывались в церкви великомученика Георгия. На третий раз прихожане отслужили молебен и совершили всенощное бдение перед перенесением, обращаясь с молитвой к Иоанну Русскому. После этого мощи святого обрели покой в храме Василия Великого. Служба с Житием Иоанна Русского анонимного автора была издана в 1849 г. в Афинах (на средства константинопольских судовладельцев, уроженцев Прокопиона); в 1899 г. она была переработана и переиздана в Константинополе М. Гедеоном. В 1862 г. одна из жительниц Прокопиона увидела во сне Иоанна Русского, который поддерживал крышу школы. На следующий день крыша обрушилась, но никто из детей не пострадал. В 1874 г. Иоанн Русский открыл во сне потомкам аги убийцу их дочери и место захоронения тела. Несмотря на многократные попытки, Иоанн Русский чудесным образом не допускал, чтобы его мощи делили на части. Исключением является перенесение в 1880 г. десницы святого в Русский великомученика Пантелеимона монастырь на Афоне. Один из иноков монастыря, Андрей, в 1878 г. был чудесно спасён по молитве Иоанна Русского на обратном пути из Прокопиона. На средства насельников Пантелеимонова монастыря в Прокопионе в 1886–1892 гг. был возведён храм во имя Иоанна Русского. В 1898 г. в него были перенесены мощи святого из церкви Василия Великого. В 1924 г., во время греко-турецкого обмена населением, жители Прокопиона увезли мощи Иоанна Русского на остров Эвбея. Место нового поселения они назвали Неон-Прокопион (ныне Прокопи). Мощи святого были помещены в церкви св. равноапостольных Константина и Елены.