19 июня 1919 г. в связи с преобразованием Бийского викариатства в Бийскую и Алтайскую епархию духовенство и миряне Бийска на общем собрании избрали Иннокентия главой епархиального управления. Был возведён в сан архиепископа. В октябре 1920 г. получил от патриарха Тихона распоряжение поминать митрополита Макария (Невского) как митрополита Алтайского в связи с присвоением ему этого титула. Боролся с обновленчеством, стал жертвой доносов обновленцев в органы государственной власти. В 1922 г. был арестован и девять месяцев находился в тюрьме Бийска. В январе 1923 г. вновь арестован. Проходил по одному следственному делу с архимандритом Владимиром (Юденичем; впоследствии епископ). Арест Иннокентия и архимандрита Владимира «как вдохновителей реакционного духовенства в борьбе с группой прогрессивного духовенства» вызвал возмущение верующих, в связи с чем в феврале арестованные были переведены в тюрьму города Новониколаевска (ныне Новосибирск), а затем в Бутырскую тюрьму в Москву. 20 апреля 1923 г. решением Коллегии ОГПУ освобождён от наказания «по старческой дряхлости» с запретом выезда из Москвы. Проживал вместе с пребывавшим на покое Алтайским митрополитом Макарием (Невским) в Угрешском во имя Николая Чудотворца мужском монастыре, а после его закрытия в 1925 г. – в селе Котельники (ныне город Котельники Московской области). 4 марта 1926 г. возглавил чин отпевания митрополита Макария. В 1927 г. уволен на покой. Проживал в посёлке Немчиновка у сына – священника Алексия Соколова. Сослужил сыну и дьякону Елисею Штольдеру в немчиновском храме во имя Рождества Христова, а после его закрытия в 1934 г. – в храме во имя святителя Николая села Ромашкова (ныне Одинцовского района Московской области). Скончался вскоре после ареста дьякона Елисея, за несколько дней до ареста сына (оба расстреляны). Отпевал Иннокентия Патриарший Местоблюститель митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси), погребён с юго-восточной стороны Никольского храма.