Города также лишились частичной автономии и были поставлены под контроль королевских чиновников. Усилился рост влияния королевской власти на дела католической церкви. Кортесы (испанский сословно-представительный орган) в период царствования Изабеллы I созывались нерегулярно. В правление Изабеллы I королевская власть, опиравшаяся на многочисленных летрадо (должностных лиц, часто незнатного происхождения, получивших университетское образование), существенно усилилась. Внешняя политика Изабеллы I и Фердинанда была направлена как на объединение Пиренейского полуострова, так и на дальнейшую территориальную экспансию. Воспользовавшись династической усобицей в Гранадском эмирате Насридов, последнем оплоте мусульман на полуострове, короли (в ответ на очередной набег мавров на территорию Кастилии) объявили эмиру войну. Эта война (1482–1492 гг.) закончилась покорением Гранады. Таким образом, Реконкиста (отвоевание земель Пиренейского полуострова христианами у мусульман, длившееся почти восемь веков) была завершена. Гранадская война расценивалась и современниками, и самими монархами как священное исполнение королевской миссии, а победа в ней – как важнейшее свершение. Папа Римский Александр VI в 1496 г. даровал Изабелле I и Фердинанду Арагонскому титул «католические короли» (Reyes Católicos). После взятия Гранады и включения эмирата в состав королевства Кастилии и Леона мусульманам была гарантирована свобода вероисповедания, а также право оставаться в собственных домах и сохранить самоуправление. Однако через некоторое время усилилось религиозное и административное давление на мусульман, что привело к крупному восстанию мавров в Андалусии (1501 г.). В следующем году им было предписано либо принять крещение, либо покинуть владения «католических королей». Таким образом, политическая унификация была продолжена унификацией религиозной, которая затронула также иудеев. Эдиктом, подписанным вскоре после взятия Гранады (в марте 1492 г.), иудеи изгонялись из владений Изабеллы I и Фердинанда. В числе причин изгнания указывалось дурное влияние иудеев на своих бывших единоверцев, крещёных евреев (маранов). В конце 1470 гг. Изабелла I и Фердинанд обратились в Рим с просьбой ввести в Кастилии инквизицию, чтобы следить за чистотой веры маранов, а впоследствии и крещёных мусульман (морисков). Первый трибунал инквизиции был утверждён в 1480 г. В Испании этот церковный институт оказался под контролем королевской власти и функционировал до начала XIX в. Внешняя экспансия простерлась дальше – в Северную Африку, куда ещё с 1470 гг. устраивали вылазки испанские пираты. При Изабелле I пиратские экспедиции негласно поддерживались короной, а с начала XVI в., уже после смерти Изабеллы I, устраивались и официальные походы.