Каджарские рукописи входят в арабский (34 рукописи), турецкий (37 рукописей) и персидский (192 рукописи) коллекции фонда. Самая ранняя из прозаических рукописей – Толкования Корана 1295 г. В коллекцию входит «Медицинский трактат» Ибн Сины (Авиценны; XIV в.), «Великое право» основателя ханифатской школы мусульманского права Абу Ханифы (1784–1785 гг.). Богато оформлены несколько списков Корана XVII–XIX вв. Здесь же хранится арабоязычный материал о Грузии и Дагестане, в частности, письма грузинских царей Теймураза II и Ираклия II правителям и представителям Дагестана по поводу политических и экономических отношений Грузии и Дагестана в XVIII в. В их числе – хроники истории Дагестана XIX в. (от раннего периода до пленения Шамиля) и др. Среди персидских манускриптов хранятся рукописи «Хамсе» Низами Гянджеви 1428 г., «Месневи» Джаллаледина Руми 1473 г., «Астрономический трактат» Улугбека XVIII в., «Шахнаме» Фирдоуси, «Бустани» Саади 1579 г. и др. В коллекции турецких рукописей помимо турецких манускриптов собраны османские, азербайджанские, туркменские, узбекские рукописи и одна монгольская, выполненная уйгурским письмом. В этой коллекции по своему значению исследователи выделяют «Пространный реестр Гурджистанского вилайета» (1595 г.); «Муншаат» Алишера Навои (секретарская книга; 1519 г.) и его же поэму «Фархад и Ширин» (1526 г.); разносторонний интерес у исследователей вызывает составленный в 1576 г. сборник, в который вошли стихотворения Алишера Навои и Физули; здесь же хранится «Кёр-оглы» – из всех известных на сегодняшний день списков это самый полный (содержит 28 глав). Персидско-турецкие документы являются источником для изучения истории не только Грузии, но и всего Закавказья. Здесь представлены шахские фирманы XVI–XVIII вв., адресатами которых являются цари и вельможи Картли и Кахети, католикосы Грузии и др.; протоколы, распоряжения и переписка частных лиц. Материалы османских документов относятся к XV–XIX вв. – это султанские фирманы, протоколы, судебные акты, дипломатическая и частная переписка. Большая часть османских документов касается Самцхе-Саатабаго, где с 1590 по 1828 гг. господствовали османы. Часть документов отражает положение в Картли в период османского владычества (1723–1735 гг.). В коллекцию армянских рукописей входят труды средневековых историков: «История Армении» Степаноса Таронаци (XVIII в.); Хроники Самуэла Анеци (XVIII в.); «Сборник армянского права» Мхитара Гоша (1862 г.) и многие другие. Среди произведений церковной литературы сохранились фрагменты Библии IX–X вв., Четвероевангелия XIII–XVI вв., Синаксари, Жития святых, песнопения XVI–XVII вв.; рукописи медицинского, грамматического и лексикографического характера.