После смерти патриарха-католикоса Григория I (608–609 гг.) епископы Церкви Востока, полагаясь на обширные знания Гиваргиса и прежние связи в кругах иранской аристократии, привлекли его к составлению коллективного послания монарху с просьбой разрешить избрание нового католикоса. В сопровождении двух священников и двух диаконов Гиваргис прибыл в царскую резиденцию. На просьбу христиан Хосров II ответил, что для получения разрешения они должны подтвердить истинность своей веры. По одним данным, придворный царя предложил устроить словесное состязание представителей Церкви Востока и сирийцев-яковитов (сторонников монофизитства), по другим – яковит Гавриил Шигарский, личный врач шаханшаха, сам вызвал оппонентов на словесное единоборство. Епископы Церкви Востока определили группу участников диспута со своей стороны, включив в неё митрополитов Адиабены и Бет-Гармая (Гармакана), Гиваргиса и двух епископов. Гиваргису и Хенанишо было поручено составить текст исповедания веры. В «Деяниях» Соборов Церкви Востока V–VII вв. он помещён в виде приложения к Собору Григория I (605 г.). Полемика представителей несториан и монофизитов по вопросу о природе Христа состоялась весной 612 г. Несторианские источники сообщают о победе единоверцев. По данным «Хроники Сеерта», Хосров II, ознакомившись с текстом несториан, заявил: «Если и существует истинная христианская вера, то это – вера Нестория». Но из послесловия к тексту исповедания веры следует, что благоприятное для представителей Церкви Востока заявление монарха не было поддержано практическими действиями. Под влиянием монофизитского (яковитского) окружения Хосров II не решался открыто поддерживать их оппонентов. Разногласия двух ветвей христианства в Иране ещё больше обострились после того, как при поддержке царицы Ширин яковиты попытались отобрать у несториан монастырь св. Сергия. Благодаря Гиваргису монастырь удалось отстоять, но эта победа стоила ему жизни. По доносу придворных яковитов Гиваргис был обвинён в отступничестве от зороастризма и заточён в тюрьму. В течение года и восьми месяцев его подвергали пыткам и истязаниям, требуя отречения от христианства. Не добившись согласия, его распяли на сенном рынке сасанидской столицы. Верующие сняли тело мученика с креста и похоронили в обители св. Сергия. Части мощей Гиваргиса были доставлены в другие монастыри.