В настоящее время в Григорианском университете действуют шесть факультетов: теологический, философский, канонического права, церковной истории, миссиологии, социальных наук (с 1951 г.), а также четыре института: богословия духовной жизни, психологии (с 1971 г.), религиозных наук (с 1971 г.), изучения религий и культур (с 2002 г.). С конца 1970 гг. при Григорианском университете организован междисциплинарный Центр изучения социальных коммуникаций. В 1991 г. при факультете церковной истории открыты Высшие курсы по изучению культурного наследия церкви (в 2005 г. объединены в факультет церковной истории и культурного наследия церкви). С 2002 г. при Институте изучения религий и культур организован Центр имени кардинала Августина Беа, занимающийся исследованиями иудаизма. Григорианский университет возглавляется Великим канцлером, которым по должности является префект Конгрегации по делам католического образования (с 15 ноября 1999 г. – кардинал Зенон Грохолевский). Заместитель канцлера – генеральный настоятель ордена иезуитов (с 13 сентября 1983 г. – пресвитер Петер-Ханс Колвенбах). Непосредственное управление университетом осуществляет ректор (с 2005 г. – пресвитер Дж. Гирланда). Учебные программы Григорианского университета составлены в соответствии с папской конституцией «Sapientia Cristiana» (1979 г.) и декретом Конгрегации по делам католического образования «Nova Codice» (2002 г.). После вступления Ватикана в Болонский процесс (2003 г.) осуществляется работа по упорядочению учебных планов университета в соответствии со стандартами европейских университетов. В 2005 г. утверждён новый устав (статуты) университета. Общее число студентов всех факультетов и институтов Григорианского университета – более 3,5 тыс. человек (2006 г.). Большинство студентов после окончания университета принимают священство, вступают в монашеские ордены и конгрегации или поступают на работу в различные католические организации. Из числа выпускников Григорианского университета 21 канонизирован Римско-католической церковью, 46 беатифицировано. Воспитанниками университета были 16 пап (от Григория XV до Иоанна Павла I); около трети современной коллегии кардиналов и около четверти всего католического епископата окончили Григорианский университет или обучались в нём. При университете действует библиотека (свыше 820 тыс. томов, 3 тыс. наименований периодических изданий) и издательство. Помимо отдельных монографий университет издаёт периодические журналы «Periodica de re canonica» (с 1911 г.), «Gregorianum» (с 1920 г.), «Archivum Historiae Pontificiae» (с 1963 г.), а также издательские серии «Analecta Gregoriana» (с 1930 г.), «Documenta Missionalia» (с 1965 г.), «Miscellanea Historiae Pontificiae» (с 1939 г.), «Studia Missionalia» (с 1943 г.), «Tesi Gregoriana» (с 1995 г.).