Церковь во имя Иоанна Лествичника была возведена в северо-восточном углу монастыря по «обещанию» посадского Ивана Авдеева, сына Ширяева. Строительство началось по указу царя Петра I и по грамоте митрополита Рязанского и Муромского Стефана (Яворского) от 24 мая 1710 г., освящена 24 мая 1716 г. Церковь представляет собой бесстолпный односветный четверик на подклете, увенчанный главой, с апсидой на востоке и трапезной на западе. Вход в трапезную с южной стороны в виде крыльца с мощными резными столбами, лестницы с арочными проёмами по сторонам. Северный и южный фасады четверика и трапезной, а также апсида оформлены небольшими полуциркульными окнами с наличниками в виде колонок с дыньками и ступенчатыми фронтонами сверху. Все фасады храма декорированы фризом из поребрика и карнизом над ним; стены четверика завершают ряд килевидных кокошников и карниз. По описанию 1686 г., в Гороховецком монастыре находилась деревянная колокольня на двух столбах, в 1702 г. упомянута каменная колокольня, возведённая, как полагают исследователи, в 1690 гг. у северо-западного угла Троице-Никольского собора. Она представляет собой типичную для Гороховца архитектурную композицию: на квадратном в плане основании (где находилась кладовая) возведён высокий восьмерик (с 1884 г. – с ризницей), ярус звона которого имеет арочные проёмы и завершён шатром с небольшой главкой. Каждая грань шатра украшена тремя слухами, декорированными фигурными наличниками. Колокольня соединялась с папертью собора крытым переходом (не сохранился). К началу XX в. в Гороховецком монастыре находились каменный трёхэтажный келейный корпус, три одноэтажных здания (кельи, трапезная и просфорная), деревянный на каменных столбах скотный двор, баня, каменная ограда XVIII в. с башенками по углам, декорированными ширинками с изразцами. В восточной части, где располагались св. врата с Покровской церковью, было построено «двое местных ворот, одни для торжественных крестных ходов, другие для въезда», на юго-западной стороне – въездные ворота, на северной – калитка. Штат монастыря в 1646 г. составляли два иеромонаха и три старца, в 1678 г. – строитель, иеромонах и десять насельников, в 1702 г. – строитель-иеромонах, казначей, три крылошанина-монаха, 17 простых монахов, в 1753 г. – игумен, три иеромонаха, иеродиакон и пять монахов. По штатам 1764 г. монастырю полагалось иметь семь человек братии. В Гороховецком монастыре в 1880 г. проживали: настоятель, три иеромонаха, дьякон и три послушника, в 1900 г. – настоятель, два иеромонаха, два иеродиакона, монах и четыре послушника, в 1916 г. – семь монахов и два бельца. Материальное обеспечение Гороховецкого монастыря до 1764 г. складывалось из сумм, полученных за требы и за сдачу в аренду пахотной земли и угодий. Монастырь владел двумя деревнями в Купленской волости и Лухманском стане Гороховецкого уезда. В 1661 г. за Гороховецким монастырём числилось 15 дворов, в 1700 г. – 18. По ревизии 1748 г., в них проживало 76 мужчин. Монастырь владел также пустошами, лугами и покосами за рекой Клязьмой, пользовался мельницами Опаринской, Белинской и Ширяевской в заречье «на Великои Печкурскои истоке». О ружном жалованье известно крайне мало. Сохранились грамоты о получении в первые годы существования монастыря из Нижнего Новгорода по «безмену», а с 1661 г. по пуду воска в год на церковные нужды.