Вскоре после присоединения Амвросия Геронтий был возведён им на священные степени: 3 ноября поставлен иподьяконом, затем рукоположён во дьякона, 8 ноября рукоположён во иерея, 6 декабря возведён в сан архимандрита. В середине января 1847 г. Геронтий отправился в Москву для информирования российских старообрядцев о присоединении митрополита Амвросия и для сбора пожертвований. В соответствии с распоряжением императора Николая I 12 марта 1847 г. о препятствовании сношениям между российскими и зарубежными старообрядцами за Геронтием было установлено наблюдение, о ходе которого докладывали императору. 28 мая 1847 г. Геронтий и сопровождавшие его лица на обратном пути из Москвы в Белую Криницу были арестованы и доставлены в Санкт-Петербург. Следствие, которое возглавлял Иван Петрович Липранди, длилось около двух месяцев. Узнав, что протоколы допросов иногда читает император, Геронтий дал подробные показания в форме прошения императору «дозволить в России белокриницкое священство». Был осуждён, заключён в Алексеевский равелин Петропавловской крепости, затем в Шлиссельбургскую крепость. В последние годы жизни написал исповедь-автобиографию «Предсмертная грамота Превечному Божеству», ранее составил «Жизнеописание инока Павла» (рукописи обоих сочинений не опубликованы, хранились у историка Николая Ивановича Субботина, который использовал их при работе над «Историей так называемого австрийского, или белокриницкого, священства»). Почти 20-летнее заключение подорвало телесные и душевные силы Геронтия. В 1865 г. он узнал от коменданта Шлиссельбургской крепости о присоединении к Русской православной церкви на началах единоверия несколько видных членов Белокриницкой иерархии. 2 декабря Геронтий обратился с прошением, в котором выразил желание перейти в единоверие с сохранением сана архимандрита и с назначением места «на всегдашнее пребывание» в учреждаемом в Москве Никольском единоверческом монастыре (основан 16 мая 1866 г.). О тяжелейшем состоянии духа Геронтия свидетельствуют его слова, сказанные коменданту: «Пусть... освободят меня, и я поверю всему». 30 мая 1866 г. Синод постановил считать «освобождение Леонова из заключения вредным для Православия, а помещение его на жительство в новоучреждённый московский единоверческий монастырь не безопасным для обители». 9 января 1868 г. на имя обер-прокурора Синода был подан рапорт главного священника армии и флота протоиерея Михаила Богословского о присоединении «крестьянина Герасима Колпакова» к православию на правах единоверия. 8 марта решением Синода Геронтий был определён насельником Гуслицкого монастыря, настоятелем в котором был игумен Парфений, знакомый Геронтия по Серковскому монастырю. Несмотря на то, что 30 марта игумен Парфений писал Дмитровскому епископу Леониду (Краснопевкову) о невозможности иметь за Геронтием в монастыре «крепкий надзор», 24 апреля старообрядец был привезён в монастырь. 30 июня игумен Парфений обращался к епархиальному начальству с прошением о постриге «крестьянина Герасима Колпакова» в монашество, характеризуя его наилучшим образом. 10 июля Московский митрополит Иннокентий (Вениаминов) подписал разрешение на постриг, 23 июля оно было доставлено в Гуслицкий монастырь, а 26 июля игумен Парфений доложил митрополиту о последовавшей 18 июля кончине Геронтия. В 1990 гг. на могиле Геронтия в возобновлённом Гуслицком монастыре был установлен крест.