Некоторые мусульманские чиновники опасались того, что копты, принявшие ислам, могут отречься от новой веры и вернуться в лоно христианской церкви. Как полагают исследователи, это обстоятельство стало одной из причин восстания Хасана, сына аль-Хафиза, против отца, что привело к временному отстранению халифа от управления страной и репрессивным мерам против христиан. Гавриил II был арестован и посажен в тюрьму, но богатые копты за тысячу динаров выкупили его оттуда. После восстановления на троне аль-Хафиза его кабинет проводил жёсткую политику в отношении христиан. Было вновь законодательно запрещено их участие в административном аппарате, возобновлены запреты на ношение определённой одежды и езда верхом на лошадях. Подушная подать (джизья) на христиан и иудеев была удвоена. Некоторые христианские церкви в Каире подверглись нападению, был разрушен армянский монастырь аз-Зухри. Нападения на христианские храмы были совершены и в других городах. Однако внутриполитическая обстановка для коптов была терпимой: погромы церквей не носили целенаправленного характера и не пользовались поддержкой халифа, несмотря на запрещения, мусульманские чиновники прибегали к помощи коптских писцов и т.д. Это позволяло Гавриилу II успешно решать не только внутрицерковные, но и внешнеполитические задачи, в том числе касавшиеся отношений с Эфиопией. Эфиопский царь хотел, чтобы патриарх как можно больше рукоположил епископов для Эфиопской церкви, однако Гавриил II настаивал на прежнем количестве. Эфиопский царь в послании к халифу просил оказать давление на Гавриила II, чтобы патриарх принял соответствующее решение. Однако Гавриил II объяснил халифу, что такое изменение епископов-эфиопов может привести к избранию эфиопского патриарха, к отделению Эфиопской церкви от Коптской и к потере влияния Египта на эфиопских мусульман. Вероятно, эти аргументы убедили халифа, и просьба эфиопского царя не была удовлетворена. Гавриил II был составителем сборников и переводчиком сочинений отцов церкви. Предполагается, что он хорошо владел коптским, но вряд ли знал греческий. Гавриил II составил три сборника церковных канонов, три богослужебные книги и Номоканон из 74 глав. Фрагменты этих произведений обнаружены в библиотеке Коптского патриархата в Каире, Номоканон издан по единственной рукописи в 1993 г. В приписываемых Гавриилу II церковных канонах осуждались распространённые в среде духовенства пьянство и симония, затрагивались вопросы литургии, поведения епископов и священников, отправления ими своих обязанностей (в том числе совершение обрядов обрезания, венчания и похорон), священникам и мирянам запрещалось использовать церкви под жильё, монахи имели право покидать монастыри только с разрешения настоятеля. «Законы о наследстве», входящие в каноны, также приписывают Гавриилу II. Часть из сборников канонов Гавриила II вошла в Номоканон Михаила, епископа Дамиетты, составленный во время патриаршества Марка III (1167–1189 гг.).