22 декабря 1926 г. вызван в Нижегородский отдел ОГПУ и отправлен под конвоем в Москву, где 24 декабря был арестован. Содержался в Бутырской тюрьме. Проходил по следственному делу вместе с митрополитом Сергием (Страгородским), Свердловским архиепископом Корнилием (Соболевым), Рыльским епископом Павлином (Крошечкиным) и Ковровским епископом Афанасием (Сахаровым). Обвинялся в том, что «оказывал содействие реакционной церковной группировке». 29 апреля 1927 г. осуждён особым совещанием ОГПУ на три года ИТЛ. Срок отбывал на Соловецких о-вах. В мае–июне 1927 г. находился в пересыльном пункте на Попове о-ве. Позднее был распределён в рабочую роту четвёртого отделения СЛОН, жил в помещениях бывшего монастыря. Работал на продуктовом складе вместе с Воронежским архиепископом Петром (Зверевым). В 1928 г. находился в изоляторе на Анзерском о-ве. После отбытия полного срока наказания 23 ноября 1929 г. освобождён из лагеря с ограничением в правах проживания. Три года провёл в нарымской ссылке (Сибирь). 28 ноября 1932 г. постановлением Полномочного представительства ОГПУ по Западно-Сибирскому краю ещё на три года сослан в г. Орёл. Находясь в ссылках, до 1933 г. поддерживал переписку по церковным вопросам с епископом Афанасием (Сахаровым). Когда епископ Афанасий обвинил митрополита Сергия (Страгородского) в превышении церковной власти и высказался за прекращение с ним общения, Григорий поддержал позицию митрополита Сергия. Вскоре после окончания срока ссылки 7 декабря 1935 г. Григорий принял от митрополита Сергия назначение на Уфимскую кафедру. Прибыл в Уфу в конце января 1936 г. Проживал в церковном доме напротив кафедрального Сергиевского собора. В июле 1937 г. возведён в сан архиепископа. Тогда же в связи с усилением в стране репрессий против священнослужителей в НКВД Башкирской АССР было начато дело против него. Он был арестован 28 июля (по другим данным, 1 августа) 1937 г. вместе со всем клиром Сергиевского собора: протоиереями Геннадием Еварестовым, Феодором Геллертовым, Иоанном Слесаревым, Иоанном Егоровым. Григорий категорически отказался признать себя виновным в «руководстве контрреволюционной организацией». Следствие было приостановлено до ноября 1937 г., когда его обвинили в участии в деятельности «Уфимского контрреволюционного повстанческого центра», в состав которого якобы входили также главы обновленческой Уфимской епархии Сергий (Корнеев) и автокефальной Уфимско-Челябинской епархии Руфин (Брёхов). От Григория требовали признать, что он «действовал по директивам всесоюзного объединенного центра церковников в Москве» во главе с митрополитом Сергием (Страгородским). Подпись Григория под признательными показаниями в напечатанном протоколе допроса от 5 ноября, по заключению экспертизы, была сфальсифицирована. 21 ноября 1937 г. постановлением Особой тройки НКВД Башкирской АССР Григорий был приговорён к высшей мере наказания – расстрелу. Погребён на Сергиевском кладбище г. Уфы. Точное местонахождение могилы неизвестно.